New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_002947 | = 1521021 | 64 (1.060) | coding (278/1353 nt) | murD | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
TCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGGCCGC > NC_002947/1520853‑1521144 | tCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCg < 8:94284/149‑1 (MQ=255) ccGATACCCGCGAGCAGCAGCCGTAACTGGTAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGATGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCAAG‑‑‑‑‑GCCAGGCCgggg < 8:121957/149‑3 (MQ=255) cGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCt > 3:35118/1‑149 (MQ=255) cGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTAAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCt < 2:234703/149‑1 (MQ=255) cGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGAGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCt > 5:169837/1‑149 (MQ=255) gATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCtt > 3:260272/1‑149 (MQ=255) gATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCtt < 4:360773/149‑1 (MQ=255) aTACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTg < 5:252085/149‑1 (MQ=255) cccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgca < 6:151971/148‑1 (MQ=255) cccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgca < 7:198822/148‑1 (MQ=255) cccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgca < 8:222385/148‑1 (MQ=255) cccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgca < 2:266322/148‑1 (MQ=255) cccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgca < 3:299242/148‑1 (MQ=255) ccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgcag > 6:184155/1‑148 (MQ=255) ccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgc > 2:225899/1‑146 (MQ=255) ccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgc < 1:225899/146‑1 (MQ=255) ccGCGAGCAGCCGCCGCAACTGGAAACCCTGCGCCGAGATTACCCGCACGTGGAAGTGCGCTGAGGTGAACTGGACGTGCACTTCCTGTGCCGCGCCAACGACCTGTACGTGAGCCCCGGCCTCGCCTAG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTgcag > 2:176995/1‑148 (MQ=255) gAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGC > 6:227632‑M1/1‑133 (MQ=255) 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ccGGCCTGGCCATG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCACGCTGCCGCGCGTGGCCTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGATGTTTGCTCGCCATGACAAGCCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGCCGCTg > 4:234025/1‑149 (MQ=255) ctggcctTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCgg > 4:138444/1‑149 (MQ=255) tggcctTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAACAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGt > 3:344934/1‑149 (MQ=255) cctTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGa > 4:366320/1‑148 (MQ=255) ctTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGaaa < 2:254806/149‑1 (MQ=255) ctTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGaaa > 6:48306/1‑149 (MQ=255) ctTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCCCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGaaa > 7:295797/1‑149 (MQ=255) ttG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCgcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgcggcacaggaagtccacgtccagttcaccacagcgcacttccacctgcgggtaatcacggcgcagggtttc < 7:68835‑M2/147‑116 (MQ=255) g‑‑‑‑‑gCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCgcgtggcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgcggcacaggaagtccacgtccagttcaccacagcgcacttccacctgc < 2:318717‑M2/127‑98 (MQ=255) g‑‑‑‑‑gCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCgcgtggcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgcggcacaggaagtccacgtccagttcaccacagcgcacttccacctgc > 1:318717‑M2/1‑30 (MQ=255) gCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCTGTGAAATgg < 4:352069/148‑1 (MQ=255) ccACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCgcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgc < 6:311288‑M2/73‑46 (MQ=255) ccACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCgcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgc > 5:311288‑M2/1‑28 (MQ=255) ccACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc > 3:371141/1‑149 (MQ=255) ccACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc > 7:191482/1‑149 (MQ=255) ccACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc > 2:281789/1‑149 (MQ=255) ccACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc > 1:96007/1‑149 (MQ=255) cACGCgcggcagcctgctgcaaggccggcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgcggcacaggaagtccacgtccagttcaccacagcgcacttccacctgcgggtaatcacggcgcagggtttccagttcc < 3:352069‑M1/149‑145 (MQ=255) cACGCgcggcagcctgctgcaaggccggcgtggccaaggccaggccggggctcacgtacagctcgttggcgcggcacaggaagtccacgtccagttcaccacagcgcacttccacctgcgggtaatcacggcgcagggtttccagttcc > 4:35118‑M1/1‑5 (MQ=255) aCGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgccgc > 7:85313/1‑149 (MQ=255) | TCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTG‑‑‑‑‑GCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGGCCGC > NC_002947/1520853‑1521144 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |