New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5870289 | 25 (0.390) | 3 (0.060) | 3/208 | NT | 15.2% | intergenic (+50/+84) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
? | NC_002947 | = 5870324 | 14 (0.280) | intergenic (+85/+49) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
AGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCATGG > NC_002947/5870184‑5870472 | cctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGc > 7:149839‑M1/78‑149 (MQ=255) aGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggag > 6:186268‑M2/1‑141 (MQ=255) ctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑g > 8:108938‑M1/77‑149 (MQ=255) tgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑gg > 7:187703‑M1/76‑149 (MQ=255) cgcAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGGTGGTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACCACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACCTGgtaggagcgg > 6:238335‑M2/1‑139 (MQ=255) gcAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcggg > 8:49351‑M2/1‑138 (MQ=255) gcAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcggg > 6:263844‑M2/1‑138 (MQ=255) aagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑gg > 8:29443‑M1/74‑147 (MQ=255) aGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggtt > 4:282419‑M2/1‑136 (MQ=255) tCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcac < 7:171014‑M2/148‑17 (MQ=255) tCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcac > 8:171014‑M2/1‑132 (MQ=255) ggggCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTGGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCGAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagc > 7:16503‑M2/1‑130 (MQ=255) gggCCTTTTGGCGGGTATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGGCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcaccc > 6:160643‑M2/1‑130 (MQ=255) gggCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAC‑ACCCAGATGT‑GTCTACGTGgtaggagc < 8:16503‑M2/138‑9 (MQ=255) gCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGTACCCGCTCCTAAAACCGCCTTGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑TTGTAAGTGggttgagggggttcacccgc < 7:158610‑M2/148‑21 (MQ=255) ccTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAAACCGCTCCTACAACTGCCTGGGTACAA‑CACCAGATTT‑GTGTAAGTGgtaggagcgggttaaaccgcg < 7:337228‑M2/148‑22 (MQ=255) cTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaa > 3:312832‑M2/1‑126 (MQ=255) ttttGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTTGACCCCCTGCTTAAACCGCCGGGGGGGAA‑ACCCAAATTTGGTGTAGGGGGT‑GGAGC‑GGGGTGACCcgccgag > 6:237080/1‑145 (MQ=255) tttGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCAGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGcaca > 4:80833/1‑148 (MQ=255) gggggAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑TTGTACGTGGAAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACaaa > 6:277752/1‑147 (MQ=255) gAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAAAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTGAACCGCGAATAGGCCGGCCCAAAACGCAtacccc > 3:100503/1‑143 (MQ=37) ttgtggGTCTTCGTATTTGAGGTTGTCGGTTCGGCCCTCTTCGCGGGTGACCCCGGTCCTCCAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCCTTGGG‑GGGTAGGGGGTCGGCGG‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTcac < 6:79416/149‑1 (MQ=255) cTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCCCAACGACAACGGCCAGGGGGCAACCCCCAGA‑GT‑GTGGACGGGGGAGGGGCGGGGTGCCCCGGCGAA‑AGGCCGGCCCCAACAGCAAGACCCCCCCACGGgttt > 4:267782/1‑149 (MQ=255) gATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTGCAA‑CCCCAGCTGT‑GTGTTCGTGGTAGGAGC‑GGGTTGACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATACCCCTCCCAGGGTTTTATTAGccccc > 1:95768/1‑148 (MQ=38) gtCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGccc > 1:50691/1‑148 (MQ=255) gTTCGGGCCTCTTCGCGGGTTAAACCCCGGCTACAAAGGCCAGGGGGCAA‑ACCCAGATGT‑GTTTTACTGGGTGGAGC‑GGGTTGACCCCCGGAGAGGCCGGCCCAAACAGCATCACCCAGACAGGGGTTTATTTGCCCCACGCCCacac > 4:32319/1‑145 (MQ=255) TCTTCGCGGGTGAACCCGCTACTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCCCCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCCCCCTCACAGGGGTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCCTCCGCGcc < 4:313911‑M1/148‑1 (MQ=255) CGCGGGTCAACCCGCTCATACAACGGCCGGGGCCCAC‑CCCCAGATGT‑TTGTACGTGGTAGCAGG‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCaa > 7:211874‑M1/1‑146 (MQ=255) CCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGttctt < 1:20418‑M1/148‑1 (MQ=255) gCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgcgct < 8:96048‑M2/149‑107 (MQ=255) GCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAgg < 4:170568‑M1/149‑1 (MQ=255) CTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAggg < 7:320691‑M1/149‑1 (MQ=255) tCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgcgctc < 5:284619‑M2/148‑108 (MQ=255) cTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgcgctcaa > 7:96048‑M2/1‑39 (MQ=255) TACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAg < 2:282320‑M1/149‑1 (MQ=255) ACAACGGCCAGGCTCCAA‑CCCCAGAAGA‑GTGTACCTGGTAGGAGC‑GCCATCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACACGGTTTTATTAGCCCCAGCCCCAATCATACGCGCCAACCCAAGGttcatcagcccaagt < 7:152751‑M1/149‑8 (MQ=255) gTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCtg > 2:218779/1‑149 (MQ=255) ccAGATGT‑GTTTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAAc < 1:92763/149‑1 (MQ=255) 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AGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCATGG > NC_002947/5870184‑5870472 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |