| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,594,148 | A→G | 8.2% | intergenic (‑95/+50) | PP_4921 ← / ← thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,594,148 | 0 | A | G | 8.2% | 188.2 / 6.9 | 77 | intergenic (‑95/+50) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/31); new base G (3/3); total (40/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
GCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATC > NC_002947/5594002‑5594291 | gctgctGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGt > 4:78150/1‑149 (MQ=255)gctgctGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGt < 4:65010/149‑1 (MQ=255) tgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGtgcttg > 4:112127/1‑149 (MQ=255) gATGGGGATTGGATGGTCGTGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGTCAT‑GCACCGCAGtgcttg < 6:381744/147‑1 (MQ=255) gATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg < 2:298675/149‑1 (MQ=255) gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAg > 2:40412/1‑149 (MQ=255) gggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc < 3:78150/149‑1 (MQ=255) ggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGCACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGCTcc > 2:297174/1‑149 (MQ=255) ccaaCTGGCTGGGGCATGGCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGACGTTACGGGGCATACACCACCCGGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 5:316070/147‑1 (MQ=25) 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8:168933/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCt < 2:260016/148‑1 (MQ=255) aGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTc > 4:312125/1‑149 (MQ=255) gTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGc < 8:181752/86‑1 (MQ=255) tGGCATACACCACCGTGTGGGTGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGAAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTGGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCt < 7:168933/149‑1 (MQ=37) gCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCCGCAAAGCCCGTGCCCT‑GCACCGCAGTGCTTTCTTAGCGGGCAAGCCCGCGACCACCGGGTAAGGTGCTGCGGttt > 6:116274/1‑117 (MQ=25) gCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGttt < 5:116274/117‑1 (MQ=255) 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acCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGTGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAc > 8:150741/1‑149 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc < 5:59676/137‑1 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc > 6:59676/1‑137 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc < 5:252537/148‑1 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc > 6:252537/1‑148 (MQ=255) 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t‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGa > 1:242969/1‑129 (MQ=255) t‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCACTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCg < 7:17933/149‑1 (MQ=255) gCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAAcc < 5:192659/98‑1 (MQ=255) gCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAAcc > 6:192659/1‑98 (MQ=255) aCCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATc > 2:111768/1‑149 (MQ=255) | GCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATC > NC_002947/5594002‑5594291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |