| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,594,156 | C→T | 5.5% | intergenic (‑103/+42) | PP_4921 ← / ← thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,594,156 | 0 | C | T | 5.5% | 202.0 / 2.2 | 74 | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/33); new base T (2/2); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
GATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTA > NC_002947/5594015‑5594302 | gATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg < 2:298675/149‑1 (MQ=255) gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAg > 2:40412/1‑149 (MQ=255) gggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc < 3:78150/149‑1 (MQ=255) ggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGCACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGCTcc > 2:297174/1‑149 (MQ=255) ccaaCTGGCTGGGGCATGGCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGACGTTACGGGGCATACACCACCCGGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 5:316070/147‑1 (MQ=25) tgtgggtggTTGCTGTAATGGTCATGCCCGCAGTTGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgg < 8:182270/146‑1 (MQ=21) aCTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAggg < 7:293234/149‑1 (MQ=255) tggctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑TCAACGGAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgggg > 8:263684/1‑147 (MQ=255) tggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAACCTGCAAATCCGGTTCCAT‑GAAACGCAGTACTTGCTTAGCCGGCAAGCCCGCTCCCACACGGTAAGGt > 7:364049/1‑149 (MQ=37) 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ccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCATTCGTG‑GCGGAACCGATCGGCCTGATCACGCATGCCt > 1:195689/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCGGCGCCTGTTTCGCGGGCAcgcccgctcccacagactgattgccattaagcgggcctatcgctacagtgacggcccgttttttgttgcctcgctaacgaatcatgactccct < 3:249817‑M2/146‑94 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCGGCCTTCCTGTGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt < 1:40412/149‑1 (MQ=255) ctaaCACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCCCCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGAAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGc < 6:213378/147‑1 (MQ=255) aaCACCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTc < 5:280755/149‑1 (MQ=255) cacCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCgc > 4:64515/1‑148 (MQ=255) acCGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGTGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAc > 8:150741/1‑149 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc < 5:59676/137‑1 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc > 6:59676/1‑137 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCAT‑GCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTG‑GCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc > 6:252537/1‑148 (MQ=255) 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NC_002947/5594015‑5594302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |