| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,634,458 | C→A | 10.5% | intergenic (+34/+349) | putA → / ← PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,634,458 | 0 | C | A | 10.5% | 225.3 / 14.1 | 76 | intergenic (+34/+349) | putA/PP_5718 | proline dehydrogenase/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/32); new base A (5/3); total (41/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
GGCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCC > NC_002947/5634312‑5634604 | ggCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCgg < 6:142362/149‑1 (MQ=255)ggCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCgg < 5:394414/149‑1 (MQ=255) tCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGctct < 1:27293/148‑1 (MQ=255) cAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCTCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCt > 4:258735/1‑149 (MQ=255) cAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCt > 8:329912/1‑149 (MQ=255) gCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGGATCGGGGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCCGCtctc > 1:319169/1‑149 (MQ=255) ggggATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAACGAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCtttt < 1:23697/149‑1 (MQ=255) ggggATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCttttt < 2:59108/149‑1 (MQ=255) gggATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCtttt < 5:379528/147‑1 (MQ=255) gggATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GCGTGGTAACGCCAGCCTGAAGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCtttt > 6:379528/1‑147 (MQ=255) ggATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTa < 2:253563/149‑1 (MQ=255) gATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCGAGGCTCTCcttcttctt < 1:383957/149‑4 (MQ=255) cACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGTGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCGTTTTTTTTGCg > 8:97253/1‑149 (MQ=255) ccAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTg > 4:6532/1‑149 (MQ=255) ccAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGCTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGt > 4:83249/1‑148 (MQ=255) cAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTg > 2:64931/1‑148 (MQ=255) gcCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTACCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAAAAGGAGAGCCGAGGCTCTCcttctt > 7:196793/1‑124 (MQ=255) gcCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTACCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAAAAGGAGAGCCGAGGCTCTCcttctt < 8:196793/124‑1 (MQ=255) ccTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAgggg < 3:83249/149‑1 (MQ=255) cTGGTCATCGAGGGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTTGTAACGCCAGGCTGATGACGATTGTCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGACGGAGAGGATCTGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTGCTGAAGCAgggg < 8:296115/148‑1 (MQ=255) cTGGTCATCGAGCGCGCGGTTAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GCGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTATTTATTCGTCCATCTCCTGAAGCAgcgg > 7:296115/1‑148 (MQ=255) cTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGc > 2:232485/1‑149 (MQ=255) cTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGc > 5:323799/1‑149 (MQ=255) 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aTCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGAc > 1:301598/1‑148 (MQ=255) tCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACt > 1:353557/1‑148 (MQ=255) tCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACt > 3:311758/1‑148 (MQ=255) gcgcgGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAAc < 1:4101/145‑1 (MQ=255) gcgcgGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTCGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAAc > 2:4101/1‑145 (MQ=255) cgcgGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCC‑TTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTa < 8:12596/141‑1 (MQ=255) cgcgGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCC‑TTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTa > 7:12596/1‑141 (MQ=255) tGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCAc > 2:61885/1‑149 (MQ=255) cGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAg > 1:274559/1‑148 (MQ=255) gTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGaa > 3:373324/1‑149 (MQ=255) gTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGaa > 1:335564/1‑149 (MQ=255) gTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTATTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGCATGGACTAACAGGTGCTCCCCACaa > 4:233239/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGt < 4:222190/144‑1 (MQ=255) tGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGt > 3:222190/1‑144 (MQ=255) gcgg‑‑c‑‑gGGTGGTAACGCCAGCCTTATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGcc < 1:170486/149‑1 (MQ=255) gg‑‑c‑‑ggGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCaa < 2:335564/149‑1 (MQ=255) c‑‑ggGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACg < 7:329912/149‑1 (MQ=255) gtAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACt > 7:162723/1‑149 (MQ=255) aCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTgg < 1:61885/149‑1 (MQ=255) aCGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTg < 1:232485/148‑1 (MQ=255) 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tGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTg > 2:275212/1‑149 (MQ=255) gggTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGa > 5:18076/1‑148 (MQ=255) ggTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGaa < 4:373324/148‑1 (MQ=255) tgAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCg > 8:347760/1‑149 (MQ=255) gaa‑gaagaaGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCAt > 3:25604/1‑92 (MQ=255) gaa‑gaagaaGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCAt < 4:25604/92‑1 (MQ=255) gaa‑gaagaaGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCg < 2:110457/148‑1 (MQ=255) aa‑gaagaagGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGc > 1:208065/1‑149 (MQ=255) ataaaaaagGAGAGCCGAGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCt < 4:358099/130‑1 (MQ=255) ataaaaaagGAGAGCCGAGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCt > 3:358099/7‑136 (MQ=255) aagGAGAGCCGAGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTg > 8:134313/1‑149 (MQ=255) 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ccTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTc < 2:353557/149‑1 (MQ=255) cTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTcc > 1:255707/1‑149 (MQ=255) | GGCTGTCCAGCGGGGATCACCAGATTGCGCTGGAGCGCCTGGTCATCGAGCGCGCGGTGAGCGTGAACACTGCAGCGG‑‑C‑‑GGGTGGTAACGCCAGCCTGATGACCATTGGCTAATGGCTGAGGGTTGTTGAA‑GAAGAAGGAGAGCCTCGGCTCTCCTTTTTTATGCGTGCATGTCCTGAAGCAGGGGCTGGACTAACAGGTGCTCACCAGAACGTGGTCATGCCAACGGTGACTTGGGTGTCTTCTGTTGTTACCGTTTATCCCCTGGAAATTCTCGGCTGCCTGGGCCGGTCC > NC_002947/5634312‑5634604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |