| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,749,047 | G→C | 5.3% | F311L (TTC→TTG) ‡ | typA ← | ribosome associated GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,749,047 | 0 | G | C | 5.3% | 240.8 / 3.6 | 75 | F311L (TTC→TTG) ‡ | typA | ribosome associated GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/33); new base C (2/2); total (40/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
CCCGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAC > NC_002947/5748901‑5749193 | cccGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑Tgg > 2:232917/1‑147 (MQ=255)cccAAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTTCCTTCTTTACAGAAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑Tgg > 5:327468/1‑147 (MQ=255) cGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAgg > 5:339827/1‑149 (MQ=255) cGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAgg > 1:48096/1‑149 (MQ=255) gAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGt > 1:357746/1‑149 (MQ=255) gAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGt > 4:358229/1‑149 (MQ=255) ccTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATc < 8:3746/149‑1 (MQ=255) cTTGAATTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGCCGGTCCTGGATGTTACGGCTGGTGACGACCTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACG‑TGGAAGGT‑cgtg > 8:159761/1‑145 (MQ=255) 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gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTc < 1:244705/148‑1 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑g > 3:147477/1‑149 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑g > 8:240419/1‑149 (MQ=255) ggTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACg < 1:116462/148‑1 (MQ=255) tcCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAg > 3:314197/1‑149 (MQ=255) cTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCg > 3:217349/1‑149 (MQ=255) tGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGATGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCgg > 3:7670/1‑149 (MQ=255) aCGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCtt < 1:296477/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCa > 2:216652/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCa > 1:159008/1‑149 (MQ=255) gcAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACg > 4:303434/1‑134 (MQ=255) gcAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACg < 3:303434/134‑1 (MQ=255) gggCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGATC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCt > 8:81968/1‑149 (MQ=255) cgatcttACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTAc < 3:261622/143‑1 (MQ=255) aCAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTAc > 4:261622/1‑142 (MQ=255) cagcagCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCg < 7:240419/149‑1 (MQ=255) cagcagCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCg < 7:81968/149‑1 (MQ=255) agcagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCgg < 3:62925/149‑1 (MQ=255) gcagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCggg > 1:6294/1‑149 (MQ=255) cagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCgggg < 3:358229/149‑1 (MQ=255) agcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGgc < 1:232917/149‑1 (MQ=255) cTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGgcg > 7:256055/1‑148 (MQ=255) cTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGca > 5:208656/1‑147 (MQ=255) ttGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATc < 1:312323/87‑1 (MQ=255) ttGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATc > 2:312323/1‑87 (MQ=255) gTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAg < 2:48096/147‑1 (MQ=255) ccAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCTACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGgtg > 8:274654/1‑149 (MQ=255) aGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTc > 1:281794/1‑149 (MQ=255) gACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCg < 2:6294/149‑1 (MQ=255) ggTCCTTGATGTTACGTCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACATGGTGTCGgag < 6:327468/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGATGTTACGGCTGGTGATGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga < 4:7670/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga < 2:190967/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga < 1:216652/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGACGTTGACA‑TGGAAGGG‑AAGCGAAACGGGCGGATC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTAAACGCTTCTACCCAAACGGGGGCGCCCCGGGTGGCg > 2:41037/1‑145 (MQ=255) tCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGAt < 2:281794/149‑1 (MQ=255) tCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCCCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGAt < 1:223316/149‑1 (MQ=255) 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cGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGgaga < 2:180414/108‑1 (MQ=255) cGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGc > 2:202639/1‑147 (MQ=255) gCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTCGGTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGc > 1:289056/1‑147 (MQ=255) gAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCt > 6:284598/1‑149 (MQ=255) ggCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGc < 6:208656/149‑1 (MQ=255) 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3:233773/1‑149 (MQ=255) tGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAc > 2:387754/1‑149 (MQ=255) | CCCGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAC > NC_002947/5748901‑5749193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |