| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,749,048 | A→C | 5.3% | F311C (TTC→TGC) ‡ | typA ← | ribosome associated GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,749,048 | 0 | A | C | 5.3% | 227.7 / 3.2 | 75 | F311C (TTC→TGC) ‡ | typA | ribosome associated GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/33); new base C (2/2); total (40/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
CGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCG > NC_002947/5748903‑5749196 | cGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAgg > 1:48096/1‑149 (MQ=255)cGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAgg > 5:339827/1‑149 (MQ=255) gAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGt > 1:357746/1‑149 (MQ=255) gAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGt > 4:358229/1‑149 (MQ=255) ccTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATc < 8:3746/149‑1 (MQ=255) cTTGAATTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGCCGGTCCTGGATGTTACGGCTGGTGACGACCTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACG‑TGGAAGGT‑cgtg > 8:159761/1‑145 (MQ=255) gAACTTGTCTGGGGAGTTGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGATGACC‑TTCCAGGT‑CAACGa < 3:363728/147‑1 (MQ=255) aaCTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGaaa < 1:174462/148‑1 (MQ=255) aaCTTGTCTGGGGAGTCGGGCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGaaa < 3:34862/148‑1 (MQ=255) tCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCgg < 7:159761/149‑1 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCATGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGCCGGGCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGCACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGcgc < 3:179206/148‑3 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTc < 1:244705/148‑1 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑g > 8:240419/1‑149 (MQ=255) gggAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑g > 3:147477/1‑149 (MQ=255) ggTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACg < 1:116462/148‑1 (MQ=255) tcCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAg > 3:314197/1‑149 (MQ=255) cTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCg > 3:217349/1‑149 (MQ=255) tGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGATGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCgg > 3:7670/1‑149 (MQ=255) 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gggCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGATC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCt > 8:81968/1‑149 (MQ=255) cgatcttACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTAc < 3:261622/143‑1 (MQ=255) aCAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTAc > 4:261622/1‑142 (MQ=255) cagcagCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCg < 7:81968/149‑1 (MQ=255) cagcagCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCg < 7:240419/149‑1 (MQ=255) agcagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCgg < 3:62925/149‑1 (MQ=255) gcagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCggg > 1:6294/1‑149 (MQ=255) cagcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCgggg < 3:358229/149‑1 (MQ=255) agcTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGgc < 1:232917/149‑1 (MQ=255) cTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGgcg > 7:256055/1‑148 (MQ=255) 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gTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGACGTTGACA‑TGGAAGGG‑AAGCGAAACGGGCGGATC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTAAACGCTTCTACCCAAACGGGGGCGCCCCGGGTGGCg > 2:41037/1‑145 (MQ=255) tCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGAt < 2:281794/149‑1 (MQ=255) tCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCCCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGAt < 1:223316/149‑1 (MQ=255) cTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATg > 2:109566/1‑148 (MQ=255) cTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTAGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATg > 5:168494/1‑148 (MQ=255) ttGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGaa > 6:13566/1‑149 (MQ=255) aTGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGaa > 7:352843/1‑146 (MQ=255) aTGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAg < 4:217349/149‑1 (MQ=255) gTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCACCGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCt > 2:309318/1‑149 (MQ=255) ggTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACCGTGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGaaa > 1:86090/1‑149 (MQ=255) 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2:263358/118‑1 (MQ=255) gTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGa < 2:289056/149‑1 (MQ=255) aCC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGt > 3:73687/1‑148 (MQ=255) c‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCaa > 3:233773/1‑149 (MQ=255) tGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAc > 2:387754/1‑149 (MQ=255) aaGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATATTCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAcgc < 1:41037/149‑1 (MQ=255) aaGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAcgcg < 4:233773/149‑1 (MQ=255) aaGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAAcgcg < 4:147477/149‑1 (MQ=255) | CGAAACCTTGAACTTGTCTGGGGAGTCGGTCTCCTGAACGCGCAGGGCAACGTTGTACAGCAGCTCCTTGTCCAGACGGTCCTTGATGTTACGGCTGGTGACGAACTTGCCTTCTTTACCGCAGAACGGCGAGTCGTTGACC‑TGGAAGGT‑CATCGAAACGGTCGGCTC‑GTCAACGGTCAGCGGCTTCATCGCTTCTACCGCATCCGGGGCGCACAGGGTGTCGGAGATGAACAGCTCATCGAAACCGCTGATGCAGACGATA‑TCGCCAGCCTGGGCTTCTTCGACGTCAACGCG > NC_002947/5748903‑5749196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |