| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,948,189 | G→C | 16.2% | D95E (GAC→GAG) | rho ← | transcription termination factor Rho |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,948,189 | 0 | G | C | 16.2% | 136.1 / 17.0 | 55 | D95E (GAC→GAG) | rho | transcription termination factor Rho |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/26); new base C (4/5); total (24/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCACCCGAGATCTCTTC > NC_002947/5948042‑5948335 | gcgcTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGgt‑gt > 3:388092/1‑149 (MQ=255)gcgcTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCGTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACGTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGgt‑gt > 4:89229/1‑149 (MQ=255) cTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGc < 7:117849/149‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGc > 3:177659/1‑149 (MQ=255) tCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTa > 7:172553/1‑149 (MQ=255) ggAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCTCATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGc < 1:35848/149‑1 (MQ=255) aaCAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAg < 8:172553/149‑1 (MQ=255) aGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGCCGGTACGCAGGtt < 3:344215/149‑1 (MQ=255) ggcgTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGaa < 4:356290/149‑1 (MQ=255) gTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGa < 6:100265/149‑1 (MQ=255) gAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATctgg < 5:172893/148‑1 (MQ=255) gAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATctgg < 1:20541/148‑1 (MQ=255) gAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGCCGGTACGCAGGTTGaaa > 6:316227/1‑136 (MQ=255) gAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGCCGGTACGCAGGTTGaaa < 5:316227/136‑1 (MQ=255) ttGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCgaga > 1:159802/1‑148 (MQ=255) tGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGCAGTAATGCTCCGGTTCGTTCGCTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTTCGCAGGTTGATACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACa > 5:89379/1‑149 (MQ=255) ggtcttcGAGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCTGCAGGGCGAAGTAAGGCTCCCCTTCCTTCTGTGGGCGTTTCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGAc < 5:274376/145‑1 (MQ=255) gTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGAGCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCga < 6:190303/144‑1 (MQ=255) ttcttaGCTTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCGCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATa < 8:372434/149‑1 (MQ=255) ttcGCGTTTTCCGGGCGGTCGAGGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGaa > 5:255012/1‑148 (MQ=255) ttcGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGa > 4:193487/1‑148 (MQ=255) ttcGCGGTGTCCGGGCGGTCGATGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAg < 6:255012/147‑1 (MQ=255) gcgTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGACGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATc < 7:175498/149‑1 (MQ=255) cGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTgg > 6:401304/1‑147 (MQ=255) cGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTgg < 5:401304/147‑1 (MQ=255) gggCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGggcc < 4:388092/149‑1 (MQ=255) gCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGACGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGggccgg > 1:45070/1‑149 (MQ=255) ggTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGggccggcc < 4:29900/149‑1 (MQ=255) tagAAGTTGATGGTATAGACCTTCAGCAGGGAGAAGTAACGCTCACCTTCCTTCTTTGGGAGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCAGGGCGAGCAATAGATATCGTCTTGGCCGGACAg > 7:188573/3‑149 (MQ=255) tCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCga < 2:227804/122‑1 (MQ=255) tCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCga > 1:227804/1‑122 (MQ=255) tCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAg > 2:150655/1‑149 (MQ=255) tGATGTTATCGACCTTCAGCAGGTCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTTCCGACGTTGGT‑CTCGCCGGTACGCATTTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTTGGCCGGCCAGGTATGa < 8:188573/148‑1 (MQ=255) gATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACg > 8:292795/1‑149 (MQ=255) tGGTATCGCCCTTCAGCAGGACGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAACCGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGCTATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACgga > 6:101758/1‑147 (MQ=255) tGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCa < 1:150655/149‑1 (MQ=255) aTCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAg > 8:92273/1‑149 (MQ=255) gACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGcc < 3:89229/148‑1 (MQ=255) tCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACg > 5:52887/1‑148 (MQ=255) agcagGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAg < 6:134283/149‑1 (MQ=255) agcagGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCa < 4:177659/148‑1 (MQ=255) cGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGgaaaccg < 3:193487/149‑1 (MQ=255) aGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGgaaaccgaaa < 7:292795/149‑1 (MQ=255) cccTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTg > 5:169575/1‑147 (MQ=255) cccTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTg < 6:169575/147‑1 (MQ=255) cccTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGga < 1:14681/149‑1 (MQ=255) ttccttcGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGTAGTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGgag > 1:46733/1‑148 (MQ=255) ttcGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACACAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAAtctc > 4:135017/1‑149 (MQ=255) ggTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCa < 3:305900/148‑1 (MQ=255) gTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑CTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAg > 1:258386/1‑148 (MQ=255) cgacgaTGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCAccc > 4:305611/1‑146 (MQ=255) cgacgaTGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCAccc > 3:116411/1‑146 (MQ=255) acgaTGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCg > 2:376627/1‑94 (MQ=255) acgaTGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCg < 1:376627/94‑1 (MQ=255) aTGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCa < 3:236268/138‑1 (MQ=255) aTGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCa > 4:236268/1‑138 (MQ=255) tGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCACCCGAGATctct < 7:92273/149‑1 (MQ=255) gt‑gtCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCACCCGAGATCTCTTc < 2:159802/149‑1 (MQ=255) | GCGCTTGTTCGGGAACAGCGGCGTCAGGTTTTCGAACAGGATCTTGTTCTTCGCGTTTTCCGGGCGGTCGAAGTTGATGGTATCGACCTTCAGCAGGGCGAAGTAACGCTCCCCTTCCTTCGGTGGGCGGATCTTGCCGACGATGGT‑GTCGCCGGTACGCAGGTTGAAACGGCGGATCTGGCTGGGCGAGACATAGATATCGTCTGGGCCGGCCAGGTAGGACGCATCAGCCGAACGCAGGAAACCGAAACCATCCTGGAGAATCTCCAGCACGCCGTCACCCGAGATCTCTTC > NC_002947/5948042‑5948335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |