| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 479,502 | C→T | 7.3% | intergenic (‑34/+22) | cca ← / ← ycgB | multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase/type IV piliation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 479,502 | 0 | C | T | 7.3% | 244.4 / 5.7 | 82 | intergenic (‑34/+22) | cca/ycgB | multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase/type IV piliation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/37); new base T (4/2); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
CCATTTGCTAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATC > NC_002947/479356‑479649 | ccATTTGCTAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGt > 3:218053/1‑149 (MQ=255)ccATTTGCTAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGt > 2:290564/1‑149 (MQ=255) cTAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACGGGTTATCCTGTcggcag < 5:213215/148‑3 (MQ=255) cTAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGt > 8:96697/1‑149 (MQ=255) gCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCAt > 3:130944/1‑149 (MQ=255) tttCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATggg < 4:139935/149‑1 (MQ=255) cGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTATCCATAACTGCCCACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCa > 1:256971/1‑149 (MQ=255) ggTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTGCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGGGGTCATGGGGTTGCATCag > 3:369035/1‑149 (MQ=255) tGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCagag < 4:354209/149‑1 (MQ=255) cccACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAggtggt < 6:98023/149‑1 (MQ=255) cccACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAggtggt < 6:62481/149‑1 (MQ=255) ccaccaGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGAt < 4:351678/149‑1 (MQ=255) caccaGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGAt > 4:211927/1‑148 (MQ=255) cagccagTCGATATCCCGGACAGGGCGGCCGACCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACa < 4:369035/149‑1 (MQ=255) gccagTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGc > 6:341658/1‑149 (MQ=255) agTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAg < 2:241755/149‑1 (MQ=255) gTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAgg > 3:184682/1‑149 (MQ=255) gATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGTCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTcc < 5:234710/149‑1 (MQ=255) atatCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCa > 7:335530/1‑149 (MQ=255) tatCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCa < 8:218270/148‑1 (MQ=255) tCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGc < 1:172934/149‑1 (MQ=255) gCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCgg < 4:184682/149‑1 (MQ=255) tGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAAATGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGc > 1:295102/1‑149 (MQ=255) tGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGAATAACAGCCAGGTCCATGCGGc > 3:331294/1‑148 (MQ=255) aCAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGcc < 7:96697/147‑1 (MQ=255) aCAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCa > 8:283797/1‑148 (MQ=255) aGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAg > 2:213913/1‑149 (MQ=255) gcggcCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCg < 4:218053/149‑1 (MQ=255) gcggcCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCg > 8:232613/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGgcgc > 8:154090/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGgcgc > 3:164857/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAAC‑TTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCt > 1:358384/1‑149 (MQ=255) aGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCttt < 4:130944/149‑1 (MQ=255) gCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTc > 5:172694/1‑149 (MQ=255) aaaCGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTGGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAAGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGAGCTTTCGc > 1:128162/1‑149 (MQ=255) aaaCGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGc < 5:49276/149‑1 (MQ=255) aCGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTa < 7:154090/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GCTGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACCGGATATCCCGGCGGCGGTCATGGGGTTGCCTCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTAt < 8:250371/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTAt < 3:360449/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTAt > 2:377627/1‑149 (MQ=255) gcgcACGGCGCCGCCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGCTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTcg > 4:71852/1‑149 (MQ=255) cgccgcCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcgg < 2:128162/149‑1 (MQ=255) cgccgcCAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcgg < 1:213913/149‑1 (MQ=255) gccAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGcggcg‑g > 6:64421/1‑148 (MQ=255) cAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcggcg < 7:56769/145‑1 (MQ=255) cAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcggcg > 8:56769/1‑145 (MQ=255) cAACTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCAt > 5:291017/1‑149 (MQ=255) aaCTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCTGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCAtg > 2:367114/1‑149 (MQ=255) aaCTTTGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCAtg > 6:282549/1‑149 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAg > 8:131211/1‑92 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAg < 7:131211/92‑1 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtggt < 5:282549/148‑1 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtggt < 5:64421/148‑1 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtgg < 1:351955/147‑1 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtgg < 1:367114/147‑1 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGAATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtggt < 4:331294/148‑1 (MQ=255) tGTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTAATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGTAAAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCTGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtgg < 2:369067/147‑1 (MQ=255) gTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCaga < 5:209848/72‑1 (MQ=255) gTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCaga > 6:209848/1‑72 (MQ=255) gTA‑GATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCG‑GCATgtggtg < 7:283797/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |