| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,061,260 | C→A | 5.3% | L36L (CTG→CTT) | hupA ← | DNA‑binding protein HU‑alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,061,260 | 0 | C | A | 5.3% | 325.4 / 5.5 | 104 | L36L (CTG→CTT) | hupA | DNA‑binding protein HU‑alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/53); new base A (4/2); total (49/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACGCAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCTTGTTGTTATGCC > NC_002947/6061113‑6061404 | aCGCAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCa < 6:147703/149‑1 (MQ=255) cGCAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACAGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAg < 3:179477/149‑1 (MQ=255) gCAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAgg > 4:336465/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GAGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCAAgg > 4:22654/1‑149 (MQ=255) cAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAggg < 2:229570/149‑1 (MQ=255) tgcatgCTTTAATGCCACGGTTTTTTTGGGCTTTTTCTTGACCGTTTCCCCATTTTTTCGGGTTCTTGCCGGTCTCCAGCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGCCCTGGACAAGGACAcc < 1:123027/143‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGt < 1:109206/147‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGCCCTGGACAAGGACACCgtga < 3:262308/148‑4 (MQ=255) cAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATg > 1:160207/1‑149 (MQ=255) ggCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCt < 6:155422/149‑1 (MQ=255) ttGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTc > 5:83445/1‑149 (MQ=255) ttGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTc > 3:333754/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCga > 7:198040/1‑149 (MQ=255) aaGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCga < 3:116482/148‑1 (MQ=255) aaGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCga < 7:204933/148‑1 (MQ=255) aaGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCga < 5:317558/148‑1 (MQ=255) aaGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCAGTGATGCTGTCga < 3:22654/148‑1 (MQ=255) ggCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGaa > 3:177786/1‑149 (MQ=255) 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gACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCtttt > 3:179770/1‑149 (MQ=255) gACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCtttt > 8:158846/1‑149 (MQ=255) aCCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCTGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCtttt < 3:1545/148‑1 (MQ=255) ccGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTcc < 5:254895/149‑1 (MQ=255) ccGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTcc < 1:382880/149‑1 (MQ=255) 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cGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGa > 8:193048/1‑149 (MQ=255) gACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGAc < 7:143748/149‑1 (MQ=255) gACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGAc < 4:179770/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACgg < 7:24334/149‑1 (MQ=255) tCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCt > 1:386464/1‑149 (MQ=255) tCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCt > 7:99096/1‑149 (MQ=255) tCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACATGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTATGGTTTGCGCATAGTGAATCCTCTTTGACGTAATTCt > 7:210920/1‑149 (MQ=255) aCGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTg > 2:84969/1‑72 (MQ=255) aCGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTg < 1:84969/72‑1 (MQ=255) aCGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCtt < 7:20056/148‑1 (MQ=255) cGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTAAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCttgt > 7:73616/1‑149 (MQ=255) cGGTGCCCTGGACAAGGACACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCttgt > 7:252351/1‑149 (MQ=255) cGGTGCCCTGGACAAGGACACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCttgt > 8:177801/1‑149 (MQ=255) ggTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCttgtt < 3:123532/149‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGGACAAGGACACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCttgtt > 6:58483/1‑149 (MQ=255) ccTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCttt < 4:238423/129‑1 (MQ=255) ccTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCttt > 3:238423/1‑129 (MQ=255) cTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGTGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCTTGTTGTTATg > 7:138991/1‑149 (MQ=255) cTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCTTGTTGTTAt < 7:158846/148‑1 (MQ=255) cTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCTTGTTGTTATg > 5:53774/1‑149 (MQ=255) gTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGGTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCTTGTTGTTATGcc < 8:198040/148‑1 (MQ=255) cAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCtt > 4:128497/1‑134 (MQ=255) | ACGCAGGTTCTTGCCAGGCTTGAAGGCCACGGTATTGCTGGCCTTGATCTTGACCGGTTCCCCA‑GTTTGCGGGTTCTTGCCGG‑‑TAC‑GCGCACCGCGATGACGTTTTTCGAAGGTGCCGAAACCGACCAGGGTCACGGTGTCCTTGTCCAGGGCACCGGTGATGCTGTCGAGAATCGCGTTCAAAACCTGATTGGCCTTTTCCTTGGTCAGATCAGCCTTATCGGCGATGACGGCGGCGAGTTCTGGTTTGCGCATAGTGAAGCCTCTTTGACGGAATTCTTGTTGTTATGCC > NC_002947/6061113‑6061404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |