| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,083,094 | T→C | 5.9% | T148A (ACG→GCG) | purE ← | 5‑(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,083,094 | 0 | T | C | 5.9% | 242.3 / 3.0 | 83 | T148A (ACG→GCG) | purE | 5‑(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/41); new base C (3/2); total (40/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
AGGAAGGCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGA > NC_002947/6082948‑6083235 | aGGAAGGCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGc < 6:314353/149‑1 (MQ=255)aGGAAGGCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGc < 8:328426/149‑1 (MQ=255) gAAGGCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCgg < 3:22475/149‑1 (MQ=255) ggCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAAc > 1:275500/1‑149 (MQ=255) ggCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAAc > 4:7953/1‑149 (MQ=255) ggCGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAAc < 3:372571/149‑1 (MQ=255) cGAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGCACGGAAcag > 8:125762/1‑147 (MQ=255) gAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCACTCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCAAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTg > 1:309119/1‑149 (MQ=255) gAAGTTCATGCCCAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGACCTGc > 5:164925/1‑149 (MQ=255) 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ccAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAAcgccgc > 7:251247/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGGGTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAAcgccgc > 2:30367/1‑149 (MQ=255) gCGGGGTTCCCGCCAAGGCCAGGATGCGGCGCAGCTGGCCGCGTC‑GGATTACACCGATCTTCATTGGTTGAGTCTCATGCCTGGGGCGGGTCTGGGTTGTGCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGGGGAACTGGTTCAACGCCGCGTg < 6:179051/149‑1 (MQ=255) gTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGTTTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAAcgccg > 4:374513/1‑140 (MQ=255) gTACCCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCTGGCCGCCAC‑CGTTTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAAcgccg < 3:374513/140‑1 (MQ=255) 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cAGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTg > 8:250138/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTgg < 1:30367/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCGCCAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGc > 3:58353/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGCCAC‑CGCTTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGAACTTGGCGCCCAGAATGCTGGcc < 8:296575/149‑1 (MQ=255) gccgccAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGa < 5:111823/148‑1 (MQ=255) cgccAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGAcag < 3:190597/149‑1 (MQ=255) cAC‑CGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGAcagcag < 2:275500/149‑1 (MQ=255) cGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAggg > 4:113223/1‑148 (MQ=255) cGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGc < 4:176969/149‑1 (MQ=255) aTTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCGGGGCAg > 8:24005/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |