| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 502,690 | T→A | 7.8% | F327I (TTC→ATC) | PP_0413 → | polyamine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 502,690 | 0 | T | A | 7.8% | 244.2 / 5.6 | 83 | F327I (TTC→ATC) | PP_0413 | polyamine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/41); new base A (2/5); total (37/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGTGTTCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACTTCGTCGCCTTCTA > NC_002947/502542‑502835 | aCTGGTGTGCAACCGCACAGGCGTCTACATGTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGtt < 7:347136/149‑1 (MQ=255) ttCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCg > 7:118839/1‑149 (MQ=255) ttCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCg > 6:388212/1‑149 (MQ=255) ttCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTATCTGGCg > 5:333262/1‑149 (MQ=255) aaCCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaac < 8:18123/149‑4 (MQ=255) aaCCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaa < 1:12797/148‑3 (MQ=255) aCCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGgtg < 2:59603/149‑1 (MQ=255) aCCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaacg < 7:196183/149‑5 (MQ=255) ccGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGACGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaacgg < 6:203505/149‑6 (MQ=255) cGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaacggg < 8:237240/149‑7 (MQ=255) ggCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTccc < 7:126914/149‑1 (MQ=255) gTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCa < 3:40938/149‑1 (MQ=255) aTCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGGTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCTCCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTa > 7:276115/1‑149 (MQ=255) tcGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGc > 1:261418/1‑149 (MQ=255) gATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTAc < 8:118839/145‑1 (MQ=255) aTGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCgg > 4:45582/1‑123 (MQ=255) aTGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCgg < 3:45582/123‑1 (MQ=255) tGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGtgtg < 3:367415/149‑1 (MQ=255) gCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTgg < 1:104960/149‑1 (MQ=255) cacaTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTggg > 3:55074/1‑149 (MQ=255) acaTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACAAGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAATCTGGCGGGAGTACTTCCCGCAGACTTACGCCCGAGTGGgc > 7:308247/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGgcgc < 7:156261/149‑1 (MQ=255) ctgctgCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCg < 5:388212/148‑1 (MQ=255) gctgcCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGcc > 1:33263/1‑133 (MQ=255) gctgcCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGcc < 2:33263/133‑1 (MQ=255) ccGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCct < 3:139071/149‑1 (MQ=255) gTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCctgc < 4:337694/149‑1 (MQ=255) cATGATCCTGCCGCCGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCctgctg < 1:353092/148‑1 (MQ=255) aTGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGgt > 3:293084/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGgtgt < 3:129620/148‑1 (MQ=255) ccTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCa > 8:191199/1‑149 (MQ=255) 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cGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTACATCCtt > 4:63993/1‑149 (MQ=255) gTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCa > 6:320815/1‑149 (MQ=255) tACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCAt < 4:55074/149‑1 (MQ=255) ctgagTGAGGAAGGGTACTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGGTGGGCTGCGAGCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATc < 8:308247/144‑1 (MQ=255) gatgaAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTtac > 4:130811/1‑148 (MQ=255) atgaAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTg < 8:155536/136‑1 (MQ=255) atgaAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTg > 7:155536/1‑136 (MQ=255) ggTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCAc > 6:279395/1‑149 (MQ=255) tATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCTCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCAccc < 5:199257/149‑1 (MQ=255) tATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCAccc > 4:68127/1‑149 (MQ=255) tttCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCg > 1:50686/1‑149 (MQ=255) tttCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCg > 3:352914/1‑149 (MQ=255) tttCACCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGCGCTGCCCCCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTAACGCAGGTGTGGGAGCCGGTTGCCTTCTGGTGTTCATCCATGCCATCGGTTACTACATAACCCCg > 8:86404/1‑149 (MQ=255) tCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCgg < 3:68127/148‑1 (MQ=255) cccGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCCCCCCGgcgc > 6:229828/1‑149 (MQ=255) cTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTgg < 4:293084/149‑1 (MQ=255) tACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTggg > 3:264435/1‑149 (MQ=255) cATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCgctgct < 5:279395/144‑1 (MQ=255) gtgcgGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTcc > 7:341008/1‑148 (MQ=255) gtgcgGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTcc > 7:179326/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |