| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 699,722 | A→G | 41.2% | intergenic (+115/‑129) | PP_t06 → / → PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 699,722 | 0 | A | G | 41.2% | 40.8 / 107.2 | 97 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/30); new base G (15/25); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTC > NC_002947/699574‑699804 | gaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa > 4:103152/1‑149 (MQ=37) aggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc < 5:184219/149‑1 (MQ=37) ggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt < 6:353493/149‑1 (MQ=37) gTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACt > 6:232105/1‑148 (MQ=37) aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAac < 8:162837/149‑1 (MQ=37) cGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac > 8:96080/1‑149 (MQ=37) gTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCa < 1:192619/149‑1 (MQ=37) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAg < 4:299679/149‑1 (MQ=37) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAg > 1:363617/1‑149 (MQ=37) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAg < 7:8034/149‑1 (MQ=37) cGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGt < 4:237101/148‑1 (MQ=37) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCTGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGttt > 1:275243/1‑149 (MQ=255) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGttt < 7:330843/149‑1 (MQ=37) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGttt < 4:156951/149‑1 (MQ=37) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGtt > 3:87081/1‑148 (MQ=37) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGtt > 3:67167/1‑148 (MQ=37) tCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCa < 5:273274/149‑1 (MQ=37) ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCAc < 1:378356/148‑1 (MQ=37) ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCAct > 2:37162/1‑149 (MQ=37) ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCAc < 6:395745/148‑1 (MQ=37) cGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg < 5:199346/149‑1 (MQ=37) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGATCACCAGTTTCActgg > 4:305423/1‑148 (MQ=255) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCActgc > 7:132955/1‑149 (MQ=37) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc > 2:198300/1‑149 (MQ=37) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc < 5:232105/149‑1 (MQ=37) accTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtg‑gt < 4:22535/147‑1 (MQ=37) gCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtg‑gt < 3:317237/148‑1 (MQ=37) cTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtg‑gtgg < 2:323854/149‑1 (MQ=37) cTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAAAACCATTTTCACTGCtg‑ttg > 3:249453/1‑148 (MQ=255) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCa < 3:25836/138‑1 (MQ=37) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCa > 4:25836/1‑138 (MQ=37) gccaccaCTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGGTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAATGATTGGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCGG‑GTGGa > 2:119609/2‑149 (MQ=11) caccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGAt > 4:139787/1‑148 (MQ=37) accacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGAt > 2:4211/1‑147 (MQ=37) accacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCa < 8:97464/149‑1 (MQ=37) accacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGAt > 3:227306/1‑147 (MQ=37) cacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAgg < 8:126243/149‑1 (MQ=37) cacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAgg < 4:262646/149‑1 (MQ=37) cacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAgg > 6:164087/1‑149 (MQ=37) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAGACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTATTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGc > 1:217905/1‑148 (MQ=255) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCt > 2:103374/1‑148 (MQ=37) tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCt > 1:169/1‑148 (MQ=37) tCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTaa < 1:210514/148‑1 (MQ=37) tCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAg > 4:72871/1‑149 (MQ=37) cGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAg < 5:41644/148‑1 (MQ=37) cGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAg < 4:274959/148‑1 (MQ=37) gTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtg‑gt > 6:127015/1‑131 (MQ=37) gTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtg‑gt < 5:127015/131‑1 (MQ=37) gTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTaa > 8:311229/1‑148 (MQ=37) 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gTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGCGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 1:4211/149‑1 (MQ=255) ttACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACCTTC‑AGCTCGACTGTTGATTTCTGGCTTATCTCAGATAGATCTATAAAAATACGGATATCTGATACATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGa < 6:13966/149‑1 (MQ=11) tACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGa < 7:311229/148‑1 (MQ=35) tACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGa < 3:139787/148‑1 (MQ=35) cTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGtt < 4:48267/149‑1 (MQ=21) 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c‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATTGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAt < 6:161806/148‑1 (MQ=17) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAtttt < 3:72871/149‑1 (MQ=14) cTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGCACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTGCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc < 2:201612/149‑1 (MQ=11) cTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc < 2:207996/149‑1 (MQ=11) | GAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGA‑ACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTG‑GTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTC > NC_002947/699574‑699804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |