| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 725,711 | G→A | 5.7% | P63L (CCG→CTG) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 725,711 | 0 | G | A | 5.7% | 263.6 / 3.7 | 87 | P63L (CCG→CTG) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/34); new base A (3/2); total (51/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
ACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGG > NC_002947/725564‑725855 | acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCCGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg < 2:241279/149‑1 (MQ=255) aGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTc > 3:3899/1‑149 (MQ=255) aGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTc > 4:382885/1‑149 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGTCAGCTCAACTGAGGTTGCTCg > 6:271481/1‑149 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCg < 5:121082/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg < 1:248556/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg > 2:319665/1‑149 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg > 6:88691/1‑146 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg < 5:88691/146‑1 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGa > 7:78499/1‑149 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGa > 7:241967/1‑149 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGAt > 3:288054/1‑149 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGAt > 4:1575/1‑149 (MQ=255) gacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCgg > 3:129643/1‑139 (MQ=255) gacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCgg < 4:129643/139‑1 (MQ=255) gacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAg > 5:40033/1‑149 (MQ=255) acAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAgg < 5:163658/149‑1 (MQ=255) aGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgcg < 8:78499/149‑1 (MQ=255) 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ccTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATg > 4:337385/1‑149 (MQ=255) cTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCGCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGt < 8:249479/149‑1 (MQ=255) gaagaaGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGCTCCAGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCAt < 1:319665/147‑1 (MQ=255) gaagaaGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCg > 6:256597/1‑121 (MQ=255) gaagaaGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCg < 5:256597/121‑1 (MQ=255) gaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg < 8:5684/119‑1 (MQ=255) 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cTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACa > 2:384264/1‑149 (MQ=255) gCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATg > 3:4429/1‑149 (MQ=255) cACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACAt < 4:349490/147‑1 (MQ=255) cTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACt > 5:256563/1‑149 (MQ=255) gcgcACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACtt > 8:249538/1‑147 (MQ=255) 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tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGTAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 4:347951/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 8:292527/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 6:93961/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 6:362580/1‑149 (MQ=255) ttGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGcc > 7:184353/1‑106 (MQ=255) ttGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGcc < 8:184353/106‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCaa < 7:249538/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAg > 3:145757/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAggg > 3:242402/1‑148 (MQ=255) catcgCCGAGCACCCGCAGTTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAgggg > 4:247157/5‑149 (MQ=255) gTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAggg > 1:157969/1‑147 (MQ=255) tGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAg < 2:392789/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAgg < 1:9619/148‑1 (MQ=255) gAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAc > 5:83060/1‑149 (MQ=255) gCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAcc < 5:193756/148‑1 (MQ=255) gCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAcc > 6:193756/1‑148 (MQ=255) aaCTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTaa < 8:241967/149‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg > 4:59221/1‑149 (MQ=255) cTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAgg > 4:357183/1‑149 (MQ=255) | ACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGG > NC_002947/725564‑725855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |