| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 725,713 | G→T | 6.8% | H62Q (CAC→CAA) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 725,713 | 0 | G | T | 6.8% | 284.7 / 6.6 | 87 | H62Q (CAC→CAA) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/34); new base T (4/2); total (51/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGG > NC_002947/725570‑725855 | aGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTc > 3:3899/1‑149 (MQ=255)aGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTc > 4:382885/1‑149 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGTCAGCTCAACTGAGGTTGCTCg > 6:271481/1‑149 (MQ=255) gTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCg < 5:121082/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg < 1:248556/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg > 2:319665/1‑149 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg > 6:88691/1‑146 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCgg < 5:88691/146‑1 (MQ=255) 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gacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCgg < 4:129643/139‑1 (MQ=255) gacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAg > 5:40033/1‑149 (MQ=255) acAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAgg < 5:163658/149‑1 (MQ=255) aGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgcg < 8:78499/149‑1 (MQ=255) gTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGa < 7:23628/149‑1 (MQ=255) 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cTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTgg < 4:3899/149‑1 (MQ=255) cGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAg > 6:160465/1‑149 (MQ=255) aTGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGgc > 1:209914/1‑149 (MQ=255) gCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGcc < 4:288054/149‑1 (MQ=255) cTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACa > 2:384264/1‑149 (MQ=255) 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cgcACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGa < 5:359136/148‑1 (MQ=255) cgcACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAg < 6:389658/149‑1 (MQ=255) aCCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGcc > 6:134759/1‑148 (MQ=255) cGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGTTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCAATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTCGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCa > 7:229915/1‑148 (MQ=255) ccTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑TATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAg < 5:271481/149‑1 (MQ=255) 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tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 8:292527/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 6:93961/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt > 6:362580/1‑149 (MQ=255) ttGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGcc > 7:184353/1‑106 (MQ=255) ttGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGcc < 8:184353/106‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCaa < 7:249538/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAg > 3:145757/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAggg > 3:242402/1‑148 (MQ=255) catcgCCGAGCACCCGCAGTTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAgggg > 4:247157/5‑149 (MQ=255) gTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAggg > 1:157969/1‑147 (MQ=255) tGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAg < 2:392789/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAgg < 1:9619/148‑1 (MQ=255) gAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAc > 5:83060/1‑149 (MQ=255) gCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAcc < 5:193756/148‑1 (MQ=255) gCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAcc > 6:193756/1‑148 (MQ=255) aaCTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTaa < 8:241967/149‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg > 4:59221/1‑149 (MQ=255) cTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAgg > 4:357183/1‑149 (MQ=255) | AGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTG‑TC‑‑GATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGG > NC_002947/725570‑725855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |