Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 998,244 | C→A | 7.4% | L625L (CTG→CTT) | PP_0861 ← | outer membrane ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 998,244 | 0 | C | A | 7.4% | 164.0 / 3.6 | 54 | L625L (CTG→CTT) | PP_0861 | outer membrane ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/26); new base A (2/2); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 |
CACAGGCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGTCCCATTTGGTGCCGATTTCG > NC_002947/998098‑998391 | cacaGGCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAg > 7:290055/1‑149 (MQ=255) cacaGGCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAg > 4:101524/1‑149 (MQ=255) caGGCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCt < 3:116502/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGa > 7:128300/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTGTCCGCCAGCGGCAAGCTcac < 1:158355/149‑3 (MQ=255) ggCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATAc > 1:154346/1‑149 (MQ=255) gcgcTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCTAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATAcc < 7:346656/149‑1 (MQ=255) cgcTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATAccc < 6:190080/149‑1 (MQ=255) gcTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCt < 2:362179/149‑1 (MQ=255) tgttgtTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGc < 6:76247/149‑1 (MQ=255) tgttgtTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTGTCCGCCAGCGGCAAGCTcacc > 1:226562/1‑139 (MQ=255) tgttgtTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTGTCCGCCAGCGGCAAGCTcacc < 2:226562/142‑4 (MQ=255) gttgttCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCa > 8:85229/1‑149 (MQ=255) cGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCTTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCgg < 8:290055/148‑1 (MQ=255) cGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGttt < 8:273713/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCAcgcg > 5:90716/1‑139 (MQ=255) tCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCAcgcg < 6:90716/139‑1 (MQ=255) ggCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACCCCTGCAACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGAc > 3:78187/1‑149 (MQ=255) tGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTtctc > 6:9044/1‑149 (MQ=255) aTTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCgt < 3:127717/149‑1 (MQ=255) gCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCgtagg > 4:8162/1‑149 (MQ=255) ccGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCgtagg > 5:77469/1‑148 (MQ=255) ccTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTcc < 1:229949/149‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTCTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCAc > 2:146502/1‑149 (MQ=255) cccAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCt < 8:128300/148‑1 (MQ=255) cAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCGGCATGTAGGTGTAGCAGGCAAACACCTGCCACTTGTCGTTGAGCTTGCCGCTGGCGGACTGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGa < 6:190163/149‑1 (MQ=255) ggCCGCCGTCGATCTGGCGAGCATGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATAACCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCgg > 6:77067/1‑149 (MQ=255) cgTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGttt < 3:101524/149‑1 (MQ=255) tCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTtc > 7:360380/1‑149 (MQ=255) gCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCg < 4:38433/149‑1 (MQ=255) cTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCgg > 4:2318/1‑148 (MQ=255) cATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAAca < 6:144749/149‑1 (MQ=255) gtgtAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTg > 5:161865/1‑135 (MQ=255) gtgtAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTg < 6:161865/135‑1 (MQ=255) tAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTc < 3:154744/122‑1 (MQ=255) tAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTc > 4:154744/1‑122 (MQ=255) gCCGGCAAACACCTGCCTCTTGTGGGTGTGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATAGCGTGCACGCGGGTTTGGGCGAGGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTc < 3:4813/148‑1 (MQ=255) ggCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGc > 6:20082/1‑148 (MQ=255) aaaCACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGa > 5:13348/1‑147 (MQ=255) aaaCACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACa < 7:85229/149‑1 (MQ=255) aaaCACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTGCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACa < 6:207214/149‑1 (MQ=255) ccTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGgcgc > 3:391535/1‑149 (MQ=255) ccACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTgg < 3:44157/148‑1 (MQ=255) cACTTGTCGGTGAGCTTCCCGCTGGCGGACCGCTCGATACCCTGCACGGGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACGGGCGCTGGTc < 4:78187/149‑1 (MQ=255) aCTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCg < 5:9044/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAg > 2:47793/1‑149 (MQ=255) ttGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAg > 7:335998/1‑149 (MQ=255) gTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAg > 1:115631/1‑147 (MQ=255) ggTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGTAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGt < 5:77067/149‑1 (MQ=255) ggTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGt < 2:115631/149‑1 (MQ=255) atcgAGCTGTCCGCCAGCGGCAAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGt > 3:382882/4‑149 (MQ=255) cTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCtt < 4:339479/93‑1 (MQ=255) cTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCtt > 3:339479/1‑93 (MQ=255) ggACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGTCCCATTTGGTGCCGAttt > 4:329210/1‑149 (MQ=255) cAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGTCCTATTTGGTGCCGATTTCg > 8:347317/1‑148 (MQ=255) | CACAGGCTGGCGCTGTTGTTCGGCGTGTTCGGCAGCTGATTGCCGTCGTTGGCCTTGCCCAGCGGGCCGCCGTCGATCTGGCGAGCCTGCATGTAGGTGTAGCCGGCAAACACCTGCCACTTGTCGGTGAGCTTGCCGCTGGCGGACAGCTCGATACCCTGCACGCGGGTTTCGCCGACGTTCTCGTAGGTAGTGGTGTCCACCTGGACGCGGGCGTTTTCCTTCTCGGTGCGGAACAGCGCAGCGGTCAGCGACAGGCGCTGGTCGAGCAGGTCCCATTTGGTGCCGATTTCG > NC_002947/998098‑998391 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |