Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,403,591 | T→C | 6.2% | intergenic (‑57/+24) | PP_1227 ← / ← PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,403,591 | 0 | T | C | 6.2% | 308.0 / 9.0 | 114 | intergenic (‑57/+24) | PP_1227/PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/56); new base C (3/4); total (53/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTGGCGATGAACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCGGCCA > NC_002947/1403443‑1403739 | gtggCGATGAACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGt < 5:357054/149‑1 (MQ=255) cGATGCACAGGGCGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGGTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGGTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGccc < 4:262244/149‑1 (MQ=255) aaCAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGaa < 2:142524/149‑1 (MQ=255) cAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAaga < 7:224064/149‑1 (MQ=255) cAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGAaga < 6:198431/149‑1 (MQ=255) cgggTGGCGGCGTTCGGCGGGCCTAAAATCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCTTATTAAGTGGATCGGGGTTGCATAGGCCAAAGGTGTGCTCAAGAAAAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGAagag < 4:259989/148‑1 (MQ=19) aGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATACCGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAagag < 3:151508/149‑1 (MQ=255) aGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAagag < 4:135798/149‑1 (MQ=255) 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tAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGaaa > 5:11504/1‑149 (MQ=255) aaaaGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGa < 2:113287/146‑1 (MQ=255) aaaaGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGa > 1:113287/1‑146 (MQ=255) aaaaGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAAc < 4:164992/149‑1 (MQ=255) aaaGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACt > 4:44207/1‑149 (MQ=255) aGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGc < 1:45565/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCt > 2:131809/1‑149 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCt < 7:308169/124‑1 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCt > 8:308169/1‑124 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTcc < 1:10135/149‑1 (MQ=255) ttGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCa > 2:231853/1‑148 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> 5:217138/1‑114 (MQ=255) gaagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGtt < 1:44385/149‑1 (MQ=255) aagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTg < 3:379679/149‑1 (MQ=255) gaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACCGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGc > 4:236225/1‑149 (MQ=255) aGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCATGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTg < 5:336910/144‑1 (MQ=255) aGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑GTAGACGCGAAACTGCTCACTCAGCGCCGGCTGCTGGTTGGCCAg > 7:340073/1‑149 (MQ=255) 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cGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGc > 1:307020/1‑149 (MQ=255) ggtgcCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGt < 1:231853/149‑1 (MQ=255) ggtgcCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGGTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGt < 3:236225/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCt < 4:358616/147‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTg < 6:315473/148‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGt < 2:55428/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGt < 2:49708/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTACCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCt < 4:332571/147‑1 (MQ=255) aGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCa > 4:242977/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACg > 2:4614/1‑149 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGt > 5:109693/1‑149 (MQ=255) ctctTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGATGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGAGTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtct > 8:167269/1‑149 (MQ=255) ctctTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCGTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtct > 4:56684/1‑149 (MQ=255) tctTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGc < 3:46221/124‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtctc > 3:42522/1‑149 (MQ=255) ctTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtctc > 6:346946/1‑148 (MQ=255) cgcgGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAAt > 5:85136/1‑149 (MQ=255) gcgGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCt > 7:37707/1‑134 (MQ=255) gcgGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATg < 6:85136/149‑1 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGcc > 4:110183/1‑149 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGACAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGcc > 6:52729/1‑149 (MQ=255) ggCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCg < 6:134729/149‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCGGcc < 2:265306/149‑1 (MQ=255) | GTGGCGATGAACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGG‑CTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCGGCCA > NC_002947/1403443‑1403739 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |