| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,414,211 | G→A | 10.4% | S86S (AGC→AGT) ‡ | PP_1236 ← | glycine cleavage system transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,414,211 | 0 | G | A | 10.4% | 263.7 / 12.4 | 95 | S86S (AGC→AGT) ‡ | PP_1236 | glycine cleavage system transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/38); new base A (4/6); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGAC > NC_002947/1414063‑1414354 | gcgcCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCcgcg < 8:315828/149‑1 (MQ=255)gcgcCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCcgcg > 5:89772/1‑149 (MQ=255) cgcCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCgcgc > 6:266327/1‑149 (MQ=255) 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gACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTg < 5:112109/148‑1 (MQ=255) gACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGc < 1:306787/149‑1 (MQ=255) gACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGc < 5:266327/149‑1 (MQ=255) gACGCGGTGGGCAAGGAACAACTGGACCAGCGCGTTGATGATGTCCGGGCGGAAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGc < 4:216869/149‑1 (MQ=255) tggtCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGcc < 8:303367/149‑1 (MQ=255) 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aTACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCCTTGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTg > 1:29267/1‑149 (MQ=255) aCGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGt > 7:155131/1‑88 (MQ=255) aCGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGt < 8:155131/88‑1 (MQ=255) ggCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGt > 2:373518/1‑149 (MQ=255) gCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTg > 1:80956/1‑149 (MQ=255) gCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTg > 7:152994/1‑149 (MQ=255) cGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGACCCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTggcgg < 2:80956/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTggcgg < 2:82935/148‑1 (MQ=255) cGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTggcgg < 7:82972/148‑1 (MQ=255) gcACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAgg > 8:123809/1‑149 (MQ=255) aCTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGgcg > 2:129787/1‑149 (MQ=255) tcgacgtGGTCCGCAGCGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAAGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGgcg > 1:269217/7‑149 (MQ=255) cgtGGTCCGCAGCGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTgc > 1:239522/3‑107 (MQ=255) cgtGGTCCGCAGCGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTgc < 2:239522/105‑1 (MQ=255) c‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAg < 7:306200/148‑1 (MQ=255) tGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGTGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGt > 5:261406/1‑149 (MQ=255) tGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGt > 1:387885/1‑149 (MQ=255) tGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGt > 6:291262/1‑149 (MQ=255) tGGTCCGCAGCGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGt > 1:144117/1‑149 (MQ=255) ggTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGCCGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCCCCTGCAGCCCCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGt > 4:213517/1‑148 (MQ=255) gTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGt > 5:324452/1‑147 (MQ=255) tCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGac < 1:206226/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGa > 4:302866/1‑140 (MQ=255) gcgcTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGa < 3:302866/140‑1 (MQ=255) | GCGCCAGGTAGGTGTCGCAGGTCATGGCTTCCAGCTCGACGCGGTGGTCAAGGAAGAACTGGCACAGCTCGTTGATGATGTCCGGGCGGTAGGCAGCGCTCACGTAGGCCACATACGGAAGGGCCTGCGGGCGCACTTCC‑TGGTCCGCGCTGCGGA‑CCACGTCGAGGGTCAGGCCGTGCTTCTTGCCCAAGCCTGGCAGGGTGGATTCGAGACGTGCCAGGGCGTCCCAGCTGCCGCCCACCTGCAGCACCAGGGCGCTGGTCTCGCCGTGGCGGCTCAGGCGCGAGGTGAC > NC_002947/1414063‑1414354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |