| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,435,822 | A→T | 5.5% | C48S (TGC→AGC) | PP_1256 ← | alpha‑ketoglutarate semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,435,822 | 0 | A | T | 5.5% | 448.1 / 11.0 | 145 | C48S (TGC→AGC) | PP_1256 | alpha‑ketoglutarate semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/65); new base T (5/3); total (77/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GCCTTGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATGTAGC > NC_002947/1435674‑1435968 | gcCTTGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCa < 5:196258/149‑1 (MQ=255) ttGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑Gc > 2:266334/1‑149 (MQ=255) gggCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑Gc < 3:324223/147‑1 (MQ=255) 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gcgGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCACCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGc < 8:176410/149‑1 (MQ=255) ggCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATc < 8:83686/148‑1 (MQ=255) cATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATcagc < 3:384662/149‑1 (MQ=255) cATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATcag > 5:358661/1‑148 (MQ=255) aTCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTcgc > 3:206867/1‑116 (MQ=255) aTCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATcag > 1:147302/1‑147 (MQ=255) cgccCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCtg > 1:318829/1‑149 (MQ=255) gccCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCtgt > 6:172875/1‑149 (MQ=255) cccAGGCCTGCGCGCTG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTACAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGGCGATCAGCAGGTTGCCtgt > 2:61717/1‑148 (MQ=255) ccAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCtgt > 7:21427/1‑147 (MQ=255) ccAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGAAGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGa < 5:312416/149‑1 (MQ=255) cAGGCCTGCGCGCTG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCgg < 7:76219/112‑1 (MQ=255) cAGGCCTGCGCGCTG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCgg > 8:76219/1‑112 (MQ=255) aGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTc > 6:235801/1‑58 (MQ=255) aGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTc < 5:235801/58‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAggg < 5:28115/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGGCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAggg > 3:36627/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAgggg > 3:347793/1‑149 (MQ=255) cAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTcgc > 4:114057/1‑98 (MQ=255) cAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTcgc < 3:114057/98‑1 (MQ=255) aGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATAAGAAGGTTGCCTGTGAGGGGCAt > 8:116520/1‑149 (MQ=255) gcgcTG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATg > 7:31126/1‑147 (MQ=255) gcAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGTGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATGTAGc > 7:142993/1‑149 (MQ=255) | GCCTTGGGCAGGCCGGTTTCGATCACGGCGCGGTCGATCAGGGCATCGCCGAGGGCCTCGATCTGTGTGGCGATGGCTTCAAGGAACTCTGCTCGTTGTTCGAGCGATGTTTCGCGGTAGGCATCGAATGCCGCCCAGGCCAGCGCGCAG‑GCCTGGGCCACGTGTTCGCCTGTGCCGCCGAGGTAGGCCGGCTCCAACGTCTGACCGGTGGTTGGGTCGATGGCACGGATGGCGTCGCGGCTGCCGGTTACCGGCCTCTGGCCGATCAGCAGGTTGCCTGTGAGGGGCATGTAGC > NC_002947/1435674‑1435968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |