Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,137,007 | A→T | 10.0% | intergenic (‑257/‑134) | fadE ← / → gstB | medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase/glutathione S‑transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,137,007 | 0 | A | T | 10.0% | 134.9 / 3.0 | 49 | intergenic (‑257/‑134) | fadE/gstB | medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase/glutathione S‑transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/23); new base T (2/3); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGATCTGG > NC_002947/2136859‑2137155 | gCTCATTTGTTCGCATGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCGACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTaaa < 3:221449/149‑1 (MQ=255) tttGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGTTGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCa < 2:363943/149‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACg < 8:278899/148‑1 (MQ=255) gCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGGCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGTCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacatag < 8:120212/149‑4 (MQ=255) gCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGa < 5:180378/149‑1 (MQ=255) gCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGGGGCGGCCGCGAC‑GGGGAATGACCCGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacata < 1:391746/148‑3 (MQ=255) cTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCAATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGGAATCCCCCCGCTGGaa > 2:147292/1‑148 (MQ=255) tACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGCCTGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAAt < 1:117594/147‑1 (MQ=255) tACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATAc < 5:312239/148‑1 (MQ=255) ccGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAACCCCACGCAGGAATACCgg > 5:266136/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCg < 3:203694/148‑1 (MQ=255) cGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGt > 8:58616/1‑149 (MQ=255) cGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGt < 7:320440/149‑1 (MQ=255) cTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACg < 5:72421/149‑1 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGt > 2:378400/1‑149 (MQ=255) aaCCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGTCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACggtggt < 5:257107/149‑1 (MQ=255) aaCCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACggtggt < 2:44325/149‑1 (MQ=255) aaCCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCAGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACggtggt > 6:258660/1‑149 (MQ=255) aCCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGCGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACggtggt > 1:147669/1‑148 (MQ=255) ccccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCGGATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGCGTGGGTTTTACCcacacatag > 1:246074/1‑120 (MQ=255) ccccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGCGTGGGTTTTACCcacacatag < 2:246074/122‑4 (MQ=255) aCAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGt < 7:6134/122‑1 (MQ=255) aCAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGt > 8:6134/1‑122 (MQ=255) aCAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTgg > 7:363944/1‑149 (MQ=255) cAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTgg > 6:315864/1‑148 (MQ=255) cAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTgg > 1:22126/1‑148 (MQ=255) aCGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGGGGTGAGCCTGTGGGAg > 8:77627/1‑149 (MQ=255) gCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGGTGGCGGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGcc < 7:260711/149‑1 (MQ=255) aTGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgc < 2:22126/149‑1 (MQ=255) cACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAag < 1:378400/149‑1 (MQ=255) aCC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 6:344590/1‑147 (MQ=255) aCC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 1:68628/1‑147 (MQ=255) aCC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 3:258145/1‑147 (MQ=255) aCC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 6:123101/1‑147 (MQ=255) aCC‑GATTGATGAATGCCGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACCTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 6:35702/1‑147 (MQ=255) ggTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGCAGAGGCACGTACAggcggc > 5:397322/1‑149 (MQ=255) gcggcCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAATACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAg < 6:266136/149‑1 (MQ=255) gcggcCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAg > 4:292427/1‑149 (MQ=255) gcgAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTgg > 6:77983/1‑149 (MQ=255) tGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGAc > 4:203704/1‑149 (MQ=255) aaTGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCAGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACt < 5:258660/148‑1 (MQ=255) tGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACtgtg < 2:68628/149‑1 (MQ=255) gACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGc > 6:192631/1‑149 (MQ=255) ggggTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTc < 3:292427/149‑1 (MQ=255) gcAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGATTGTGCCACCTCCGCACTCaaaa < 7:58616/149‑1 (MQ=255) gcAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCaaaa < 7:77627/149‑1 (MQ=255) cAGGCTCGGCCTATGTGTGTGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAg < 5:393235/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCTATGTGTGGGTCCAACCCACGCACGAATACCGGTGACGTGAAGCCGGGCGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACTGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATg < 8:363944/149‑1 (MQ=38) tgGGTAAAATCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGaa < 1:152974/149‑1 (MQ=255) gTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTg > 5:196859/1‑144 (MQ=255) aaaaCCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGATCt > 8:182340/1‑149 (MQ=255) aaaaCCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGATCt > 1:205259/1‑149 (MQ=255) aaCCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGATCTgg < 2:205259/149‑1 (MQ=255) aaCCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGATCTgg < 5:192631/149‑1 (MQ=255) | GCTCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACC‑GATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGAC‑GGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGATCTGG > NC_002947/2136859‑2137155 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |