Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,475,283 | C→A | 8.0% | intergenic (‑82/+75) | tal ← / ← dusA | transaldolase/tRNA dihydrouridine synthase DusA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,475,283 | 0 | C | A | 8.0% | 151.6 / 3.2 | 50 | intergenic (‑82/+75) | tal/dusA | transaldolase/tRNA dihydrouridine synthase DusA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/21); new base A (2/2); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 |
CGTCCAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTTGTGAATGTC > NC_002947/2475135‑2475426 | cGTCCAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGAccc < 8:136941/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCt > 7:360567/1‑149 (MQ=255) aGGTCCCCGGTGGCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGGCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTgg < 7:114123/149‑1 (MQ=255) gTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGcc > 7:7131/1‑149 (MQ=255) gTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGcc < 8:28970/149‑1 (MQ=255) gccccGGTGGCGGCGACCACGGGGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCAATTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGccc < 6:70736/148‑1 (MQ=255) cccGGTGTCGGCTACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTGGGAGGTCATGGGCGTGCGCTGTCCTGCGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGGCCAGCGGGTCCGc < 4:182965/149‑1 (MQ=255) ccGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGca > 6:349156/1‑149 (MQ=255) cGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCt < 5:172607/149‑1 (MQ=255) aCGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGa > 7:243990/1‑147 (MQ=255) gtggtgAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGt < 8:243990/149‑1 (MQ=255) tggtgAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGt > 5:51534/1‑148 (MQ=255) tggtgAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGt < 6:51534/148‑1 (MQ=255) gtgAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGa < 5:234120/148‑1 (MQ=255) cTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCGCGCACAGGGCt > 6:245215/1‑130 (MQ=255) cTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCGCGCACAGGGCt < 5:245215/130‑1 (MQ=255) cTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGa < 1:40939/148‑1 (MQ=255) cTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGa < 5:349156/148‑1 (MQ=255) cTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGa < 8:211188/148‑1 (MQ=255) tGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTAGACATTACCCGAGACCCGGCAGCCGCTCAAGCGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTc > 1:298539/1‑149 (MQ=255) gAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTc > 8:130772/1‑148 (MQ=255) gAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTc < 7:130772/148‑1 (MQ=255) ccAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGGCCAGCGGGTCCGca > 5:264866/1‑109 (MQ=255) ccAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGGCCAGCGGGTCCGca < 6:264866/109‑1 (MQ=255) ccAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGcaagcaag > 2:259402/1‑149 (MQ=255) cAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCaagcaagc < 1:255367/149‑1 (MQ=255) tGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAg > 3:83523/1‑149 (MQ=255) tGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCTACAATACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGTTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGa < 8:360567/149‑1 (MQ=255) ctctGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGTACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAg > 5:278290/1‑102 (MQ=255) ctctGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAg < 6:278290/102‑1 (MQ=255) cATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTtccctc < 4:354794/128‑1 (MQ=255) cATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTtccctc > 3:354794/1‑128 (MQ=255) aTTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTg > 8:256300/1‑148 (MQ=255) aCTGGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTTAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGcaac < 2:298539/148‑1 (MQ=255) cccGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCCCCGCCCCTGCAACAACTCCACGGcc > 5:128190/1‑149 (MQ=255) ccGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCt > 8:94761/1‑149 (MQ=255) cGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTg < 4:83523/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCaaa > 6:153163/1‑149 (MQ=255) cGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGAGTCGAGTCGCAAGCCAGCCCGCGGTTCCCTCCCTCTGAGGGCACAGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCACGCACCGcc > 4:224848/1‑148 (MQ=255) aaGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTTAAGATTCTAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAgg < 3:142856/147‑1 (MQ=255) aaGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGt > 3:178881/1‑149 (MQ=255) ccgccgAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAgc > 3:27491/1‑149 (MQ=255) ccgAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAgccgc > 5:290965/1‑149 (MQ=255) gAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAgc > 6:382383/1‑144 (MQ=255) gAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAgc < 5:382383/144‑1 (MQ=255) ccctgtGCGGGCCAGCGGGTCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTtg > 1:176381/6‑149 (MQ=255) cccTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTtgt > 5:334628/1‑148 (MQ=255) tGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTTGTGAAt > 2:68231/1‑149 (MQ=255) tGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTACCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACAGCCAAGCGTACAGCCGCCTTGTGAAt > 8:241296/1‑149 (MQ=255) cGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTTGTGAAt < 1:259402/147‑1 (MQ=255) ggACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTTGTGAATGTc > 4:356477/1‑149 (MQ=255) cGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTg > 2:179901/1‑87 (MQ=255) cGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTg < 1:179901/87‑1 (MQ=255) | CGTCCAGGTCCCCGGTGTCGGCGACCACGGTGGTGAACTGCTTGAGTTGTTCCAGCTTGGAGGTCATGGGCGTGCTCTGTCCTGTGCATTTACTCGACATTACCCGAGCCCCGGCAGCCGCTCAAGGGCCGCCGAAACCCTGCGGACCCGCTGGCCCGCACAGGGCTGTACGAAAGGTGAAGATTCGAGTCGCAAGCAAGCCCGAGGTTCCCTCCCTCTGAGGTCACCGCCCCTGCAACAACTCCACGGCCTGGTCAAACACCGCCAAGGGTTCAGCCGCCTTGTGAATGTC > NC_002947/2475135‑2475426 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |