| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,711,620 | T→C | 11.1% | T1162A (ACC→GCC) ‡ | metH ← | cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,711,620 | 0 | T | C | 11.1% | 226.3 / 17.6 | 90 | T1162A (ACC→GCC) ‡ | metH | cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/39); new base C (4/6); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
CGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAG > NC_002947/2711472‑2711759 | cGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGt < 7:184877/149‑1 (MQ=255) gCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTg > 3:163830/1‑149 (MQ=255) cTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCGGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGc > 7:262026/1‑149 (MQ=255) tCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACACCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGc > 3:249186/1‑148 (MQ=255) cGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCa > 1:105534/1‑149 (MQ=255) aTCTGGTCCTTGTAGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATc > 6:335586/1‑149 (MQ=255) tGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAg > 6:308238/1‑149 (MQ=255) ggccTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGGGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 8:355115/144‑2 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCggt < 3:187219/147‑3 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 3:237526/146‑2 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 2:35614/146‑2 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 2:29592/146‑2 (MQ=255) ccTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATc < 7:156692/142‑1 (MQ=255) ccTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATc > 8:156692/1‑142 (MQ=255) ccTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAgg > 3:275543/1‑149 (MQ=255) cTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGc < 3:260349/149‑1 (MQ=255) aCCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑ag < 2:379930/149‑1 (MQ=255) ccTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGttt < 8:293102/148‑1 (MQ=255) ccTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTc < 7:15587/149‑1 (MQ=255) cTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTc > 1:41283/1‑149 (MQ=255) cTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTcc > 4:80412/1‑149 (MQ=255) tACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCACCCCCTGACCCCCGCCCCCGGCAACATCCCGAAGGGCACGGTGAGGTCCACCCCGCTCGGCCCGGTTAAACCGATGGCGGTGCCAGCGAGCCGGCGGAAC‑AGAGTTTCCt > 8:159911/1‑149 (MQ=255) cGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCTGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGTAAC‑AGAGTTTCCt < 7:58960/147‑1 (MQ=255) 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aTACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAgtgt > 7:263895/1‑149 (MQ=255) tACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGtgtg < 4:275543/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTc < 5:193847/147‑1 (MQ=255) ggTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGcc < 7:278917/149‑1 (MQ=255) gTGGGC‑GAAGTACCAGACGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCg > 8:228159/1‑149 (MQ=255) ggC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGa > 8:199116/1‑148 (MQ=255) ccAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGgcg > 7:370124/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGgcg > 2:355436/1‑149 (MQ=255) aGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCa < 4:163830/149‑1 (MQ=255) cGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAggg > 3:206284/1‑149 (MQ=255) 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ccgccgGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTg < 4:206284/149‑1 (MQ=255) cgccgGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTg > 7:74202/1‑148 (MQ=255) cgccgGGAACATCGCGAAGTGCTCGGGGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTCTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGTCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCt < 1:64027/147‑1 (MQ=255) ccgGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTAc > 8:241396/1‑149 (MQ=255) cgGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACt < 1:355436/149‑1 (MQ=255) 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7:241396/149‑1 (MQ=255) cccGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTg < 1:21370/115‑1 (MQ=255) cccGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTg > 2:21370/1‑115 (MQ=255) gTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATa < 8:263895/149‑1 (MQ=255) gTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATa < 8:207718/149‑1 (MQ=255) tttCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGGCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAg < 8:370124/149‑1 (MQ=255) cctgctcGATGGCACCGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAg > 8:37723/7‑149 (MQ=255) tgctcGATGGCACCGCCATCGAGCAGGCGGAACGAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCt > 1:252193/5‑134 (MQ=255) tgctcGATGGCACCGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCt < 2:252193/129‑1 (MQ=255) tgctcGATGGCACCGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGcc > 6:19902/5‑149 (MQ=255) tgcccGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCgg > 6:287975/4‑141 (MQ=255) tgcccGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCgg < 5:287975/138‑1 (MQ=255) cACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGGCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTAGTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGcc < 7:23169/148‑1 (MQ=255) ctcGATGGCACCGCCATCGGGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGccc > 1:75744/3‑148 (MQ=255) aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGccc > 5:283664/1‑148 (MQ=255) ccGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGtt < 7:331392/119‑1 (MQ=255) ccGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGtt > 8:331392/1‑119 (MQ=255) ccGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGccc > 1:92160/1‑147 (MQ=255) cGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCt > 1:388834/1‑102 (MQ=255) cGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCt < 2:388834/102‑1 (MQ=255) cGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAg > 1:2332/1‑149 (MQ=255) | CGCTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGC‑GAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAAC‑AGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAG > NC_002947/2711472‑2711759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |