Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,874,886 | C→G | 7.6% | G333R (GGC→CGC) | PP_2528 ← | O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,874,886 | 0 | C | G | 7.6% | 157.0 / 4.1 | 53 | G333R (GGC→CGC) | PP_2528 | O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/27); new base G (2/2); total (24/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 |
GCGGGGTGACAGGCCAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAGGGCCAGGGTTTCCAG > NC_002947/2874750‑2875033 | gCGGGGTGACAGGCCAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTg < 4:125266/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGACAGGCCAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTgg < 3:111746/149‑1 (MQ=255) aCAGGCCAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGt < 1:365945/148‑1 (MQ=255) ggCCAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCAt < 6:161615/149‑1 (MQ=255) cAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGtt > 8:337699/1‑149 (MQ=255) gTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCg > 8:94999/1‑149 (MQ=255) tGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCgg > 4:58139/1‑149 (MQ=255) aCTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCgggg < 2:58150/149‑1 (MQ=255) cGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCg < 6:376121/149‑1 (MQ=255) 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gATCGATGCCGGCTTGCCGCGGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATgc > 2:326732/1‑149 (MQ=255) gATCGATGCCGGCTTGCCGCGGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATgc > 4:331263/1‑149 (MQ=255) gATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATgc > 1:287161/1‑149 (MQ=255) aTGCCGGCTTGCCGCGGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAgg < 3:331263/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGCTTGCCGCGGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAgg < 1:326732/149‑1 (MQ=255) gCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATg < 3:53951/141‑1 (MQ=255) gCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGATCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCCCCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATg > 4:53951/1‑141 (MQ=255) ggCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAGGGCCAg < 3:58139/149‑1 (MQ=255) gCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAGGGCCAgg < 8:74183/149‑1 (MQ=255) ccgccgGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCGGGGCCAGGGTTTc < 2:286764/149‑1 (MQ=255) ccgGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAGGGCCAGGGTTTCCAg < 3:175151/149‑1 (MQ=255) | GCGGGGTGACAGGCCAGTGACTTGGCGTCGCCGATGTTCACCAGGCGTACCACCAACTGCAACGCGTCGATGAAACGCGCGCCAGCCGCCTGGCCACCCTTGATGCCGAACGACAGGATCGATGCCGGCTTGCCGCCGGTGTAGCGCTGGGCCAGTGCATGTTCGGGGTGGTCGGGCAGCCCG‑GCGAACTTCACCCAGGCCACTTGCTCGTGGGCTTGCAGGTAATGGGCGACCTTTAGCGCGTTCTCGGTATGGCGCTCCATGCGCAGGGCCAGGGTTTCCAG > NC_002947/2874750‑2875033 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |