Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,915,464 | T→C | 9.9% | L1495P (CTG→CCG) | PP_2561 → | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,915,464 | 0 | T | C | 9.9% | 158.7 / 4.9 | 60 | L1495P (CTG→CCG) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/25); new base C (3/3); total (32/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGAACAACAACC > NC_002947/2915318‑2915610 | ccTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTg > 4:49642/1‑148 (MQ=255) gggTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATg < 3:148823/149‑1 (MQ=255) ggCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCCTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCt > 2:221296/1‑149 (MQ=255) tATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCt > 8:24114/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGa < 3:300221/144‑1 (MQ=255) aGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGaa < 5:244540/148‑1 (MQ=255) ggCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTcgc > 7:203618/1‑149 (MQ=255) caccacCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACTGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGAc < 8:218070/130‑1 (MQ=255) caccacCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGAc > 7:218070/1‑130 (MQ=255) ccaccGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCaa < 4:47241/149‑1 (MQ=255) accGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAAt > 1:198773/1‑149 (MQ=255) accGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCCGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAAt > 5:334560/1‑149 (MQ=255) cTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTg < 3:49642/148‑1 (MQ=255) tCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGc > 1:6324/1‑149 (MQ=255) tCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCCGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGc > 7:27701/1‑149 (MQ=255) tCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCCGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGc > 7:21867/1‑149 (MQ=255) gCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGc < 6:2095/147‑1 (MQ=255) aGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGAt > 6:316883/1‑149 (MQ=255) tACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGAc > 2:45948/1‑103 (MQ=255) tACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGAc < 1:45948/103‑1 (MQ=255) tACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATgccg > 4:297501/1‑149 (MQ=255) tACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATgccg > 6:228/1‑149 (MQ=255) ccaccGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATgccgcc > 4:149719/1‑149 (MQ=255) caccGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCAACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCAGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTTCCGAGGCCGATgccgcag > 6:247767/1‑147 (MQ=255) accGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCgg > 6:34962/1‑149 (MQ=255) tggtgCAACCGGGGTCGCCCGTGGTTCCGACAGTGGCCACGCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCGGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCATATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCTGGCat < 5:247767/149‑2 (MQ=255) ggtgCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAg > 6:332575/1‑148 (MQ=255) aCCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATcc > 7:332728/1‑149 (MQ=255) gtgCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATGCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCCGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCaa < 1:221296/149‑1 (MQ=255) cGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTc > 5:335932/1‑149 (MQ=255) aCAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCg < 8:332728/149‑1 (MQ=255) tGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTg > 6:278053/1‑147 (MQ=255) gCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGc > 7:315368/1‑149 (MQ=255) ccccGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATg < 7:24114/149‑1 (MQ=255) ccccGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCCGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATg < 8:27701/149‑1 (MQ=255) ccccGGGTGTGGATGCCAGGGCCGGCGGTGCCGGCCCGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTAGCGCAAATCAATATTGCCGATGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATg < 8:21867/149‑1 (MQ=255) cccGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATgg < 8:315368/149‑1 (MQ=255) cccGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATgg < 8:203618/149‑1 (MQ=255) tggtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCgg < 8:234929/100‑1 (MQ=255) tggtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCgg > 7:234929/1‑100 (MQ=255) tggtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtg < 3:149719/149‑1 (MQ=255) gtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGCCCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgcg > 4:248035/1‑149 (MQ=255) gtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGTCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgc < 5:228/148‑1 (MQ=255) gtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGGCATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgcg > 5:338685/1‑149 (MQ=255) gtggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTAGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgc < 2:360286/148‑1 (MQ=255) tggATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgcgt > 3:79764/1‑149 (MQ=255) tGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCgg > 7:76835/1‑149 (MQ=255) gCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGt > 1:162065/1‑149 (MQ=255) ccAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGGCATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg < 6:338685/149‑1 (MQ=255) ccAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCCCAAATCAACATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGt < 6:335932/148‑1 (MQ=255) cAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg > 2:32364/1‑148 (MQ=255) cAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg > 2:338618/1‑148 (MQ=255) aGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGACCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGa < 1:32364/149‑1 (MQ=255) gTGACGGCGGTGCCGGCCCGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGAt < 6:334560/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaa > 6:338448/1‑149 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaa < 4:79764/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaa < 5:34962/149‑1 (MQ=255) gCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaacaacaac < 2:198773/149‑1 (MQ=255) gCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACATCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaacaacaac > 2:244059/1‑149 (MQ=255) ccTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGAACAACAAcc < 3:248035/149‑1 (MQ=255) | CCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCAGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGAACAACAACC > NC_002947/2915318‑2915610 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |