Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,520,081 | T→A | 8.8% | intergenic (+700/‑180) | PP_5580 → / → PP_5582 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,520,081 | 0 | T | A | 8.8% | 155.3 / 2.7 | 54 | intergenic (+700/‑180) | PP_5580/PP_5582 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/24); new base A (2/3); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGATGAAGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGTC > NC_002947/3519939‑3520228 | aCGATGAAGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAAGCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATgc > 1:283831/1‑148 (MQ=255) aaGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATTTTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcat < 4:29996/148‑2 (MQ=255) aGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATa < 3:207083/149‑1 (MQ=255) aGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcatt < 5:59264/148‑3 (MQ=255) ggAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAg > 5:183357/1‑149 (MQ=255) gAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGt > 2:96172/1‑149 (MQ=255) aaGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcattgaga > 5:317367/1‑142 (MQ=255) aaGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcatt < 6:317367/144‑3 (MQ=255) ggCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTc < 3:193721/149‑1 (MQ=255) ggCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagca > 4:250214/1‑140 (MQ=255) cTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCt > 8:118879/1‑149 (MQ=255) ttAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTgg < 7:312964/148‑1 (MQ=255) gCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAg > 3:287118/1‑148 (MQ=255) tGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAatat > 2:122112/1‑149 (MQ=255) gTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCAt < 3:20077/149‑1 (MQ=255) tCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCAtt < 3:347610/149‑1 (MQ=255) atatTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGa < 6:37979/149‑1 (MQ=255) gaATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATg < 4:322201/149‑1 (MQ=255) gaATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCC‑GGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATgg > 6:234809/1‑149 (MQ=255) ccAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGt < 1:38962/149‑1 (MQ=255) cAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTTCTACGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTg < 3:7973/149‑1 (MQ=255) cAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTg > 4:252496/1‑149 (MQ=255) cAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCATGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGTCGAAAGCGTg > 5:272421/1‑149 (MQ=255) gATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGt < 1:34936/149‑1 (MQ=255) gATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGt > 2:34936/1‑149 (MQ=255) tatCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGc < 2:283831/149‑1 (MQ=255) ccgccTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGaaa < 8:63953/131‑1 (MQ=255) gaggaCGATCGTTAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTAc < 4:299047/147‑1 (MQ=255) aggaCGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGAc < 5:234809/149‑1 (MQ=255) gaCGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACa > 8:371434/1‑148 (MQ=255) gaCGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACa > 3:82708/1‑148 (MQ=255) gAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGa > 4:273546/1‑137 (MQ=255) gAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGa < 3:273546/137‑1 (MQ=255) gAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCaa > 7:228302/1‑148 (MQ=255) aaTATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCaa > 2:253454/1‑147 (MQ=255) ggTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCa < 1:256366/148‑1 (MQ=255) tATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTa > 1:161107/1‑149 (MQ=255) aTGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCaaaa > 4:172138/1‑137 (MQ=255) aTGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCaaaa < 3:172138/137‑1 (MQ=255) aTGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTa > 7:312367/1‑148 (MQ=255) tGAATATAGTTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTGCTTGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAACTTCATAAGTGCACCTTTAc < 6:216754/148‑1 (MQ=255) aaTATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACaaa < 6:183357/149‑1 (MQ=255) tataGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAg > 5:231767/1‑148 (MQ=255) ggTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAg < 4:287118/149‑1 (MQ=255) gtgtGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGc > 5:118719/1‑149 (MQ=255) tgAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGCTTTGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCt < 1:122112/148‑1 (MQ=255) aaGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTc < 6:118719/148‑1 (MQ=255) gcaCGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAAtt > 8:191095/1‑148 (MQ=255) gcaCGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAAtt > 8:196627/1‑148 (MQ=255) cGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGCCAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATg < 6:231767/149‑1 (MQ=255) tATCAATGCTTGCTTATTCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTTGTTGGGTTTTATTTTTACGACATAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTAt < 3:356793/141‑1 (MQ=255) tATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATATTTAAGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTATAGCTTTCGAATTTAt > 4:356793/1‑141 (MQ=255) cactattgcttgcaTAAGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGATGTTATGCGTGAtt > 4:329367/7‑149 (MQ=255) tattgcttgcaTAAGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtt > 7:172328/4‑149 (MQ=255) cAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtt > 2:218043/1‑149 (MQ=255) cAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtt > 7:68164/1‑149 (MQ=255) ttgcttATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCGTTACAAAGTCGAGCGGTCGAATTTATGCGTGAgtgttttgtgt > 8:262990/1‑144 (MQ=255) cttATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGtc > 2:241966/1‑149 (MQ=255) | ACGATGAAGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAG‑ATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGTC > NC_002947/3519939‑3520228 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |