Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,980,735 | A→T | 6.5% | W323R (TGG→AGG) | cobW ← | adenosylcobalamin biosynthesis protein CobW |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,980,735 | 0 | A | T | 6.5% | 180.5 / 2.9 | 61 | W323R (TGG→AGG) | cobW | adenosylcobalamin biosynthesis protein CobW |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/32); new base T (2/2); total (27/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.16e-01 |
ATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTGGGTCAATGCATCGAGCAGCAGGC > NC_002947/3980589‑3980878 | aTCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAg < 8:100251/148‑1 (MQ=255) tCCGGTACGAATCATCGGGGCTGCGTCCGCAGCAGGGGTATGGGTCTGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑ATGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTTGCCGATCAGCACCATGCGGGTTATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGgc < 8:206111/149‑1 (MQ=255) gTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCT‑GGCAGGATACGGGTGCTGGCCGGTCAGCCCCCGGCGGGTGAAGCGCCGCGAGTAGGCCGGCCAGgccgggg > 5:355394/1‑144 (MQ=255) cGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCg < 4:172962/149‑1 (MQ=255) cGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCg < 4:179066/149‑1 (MQ=255) gAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCg > 7:130146/1‑148 (MQ=255) aaCCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGaa < 6:98277/148‑1 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGc > 3:285203/1‑149 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGc > 4:382967/1‑149 (MQ=255) caccGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGc < 4:256225/149‑1 (MQ=255) gggCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGt > 5:91706/1‑149 (MQ=255) tGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGa > 2:59903/1‑148 (MQ=255) tCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACgg > 5:155804/1‑149 (MQ=255) tCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACgg < 4:303992/149‑1 (MQ=255) cGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGt < 5:98599/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGG‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTg < 6:226075/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTg > 3:309461/1‑149 (MQ=255) agcagGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGcc < 8:6126/149‑1 (MQ=255) cagGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCa < 4:68091/149‑1 (MQ=255) gTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGc > 6:147026/1‑149 (MQ=255) cATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCCGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCCGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCtt > 8:201477/1‑149 (MQ=255) tgcgccAGGCGCTGGGCGCCTGACGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGGCGAAGTGCTTGTCGCCACGGGTGGCCACGCCTTg > 3:41/6‑148 (MQ=255) tCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACca < 6:91706/149‑1 (MQ=255) ggCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTc < 4:219803/120‑1 (MQ=255) gcCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTa < 5:119296/140‑1 (MQ=255) gcCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTa > 6:119296/1‑140 (MQ=255) ctgcgcCAGGCGCTGGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGcc < 5:112434/145‑1 (MQ=255) ctgcgcCAGGCGCTGGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGcc > 6:112434/3‑147 (MQ=255) ggCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCT‑GGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGc < 6:355394/149‑1 (MQ=255) cgcgcCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGAt > 8:33651/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATggcgg < 8:170715/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATggcggc > 2:379968/1‑149 (MQ=255) aGCTGGGCTGCAGCGAGGGCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGaa < 4:41/149‑1 (MQ=255) cagcaTCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTg < 1:59903/149‑1 (MQ=255) 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4:261005/139‑1 (MQ=255) gTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTg > 3:261005/1‑139 (MQ=255) ccTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATa > 7:19975/1‑149 (MQ=255) tGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATAcc > 8:52871/1‑149 (MQ=255) ccGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGaa > 5:117688/1‑149 (MQ=255) ccGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGAGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGaa > 8:233355/1‑149 (MQ=255) cGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAAc > 5:169054/1‑149 (MQ=255) aTCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTc < 7:33651/149‑1 (MQ=255) aTCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTc < 3:382967/149‑1 (MQ=255) gCACCAGGCTGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTAGAAGTGCTTGTCGAAACGGCTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTccacc < 7:269765/149‑1 (MQ=255) gCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTccac > 7:221265/1‑148 (MQ=255) 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ttcgaccgcgcCTGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTggg < 4:296398/129‑1 (MQ=255) ttcgaccgcgcCTGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTggg > 3:296398/7‑135 (MQ=255) ggCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGATACGGGTGCCCACGCGTTGTACCAGCAGCCGCATAGGCTTGCCCGGTATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTGGGTCAATGCATCGagcagc < 1:153963/148‑1 (MQ=255) ccgcgcCTGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTGGGTCAATGCATc < 2:150333/139‑1 (MQ=255) ccgcgcCTGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTGGGTCAATGCATc > 1:150333/2‑140 (MQ=255) gcgcCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTGGGTCAATGCATCGAGCAGCAGGc > 8:220409/1‑149 (MQ=255) | ATCCGGTACGAAACCACCGGGCTGAGTCCGCAGCAGGTGCATGGGTCAGGCGCCCAGCGCCTGGCGC‑AGGCGCGCCTCCAGCTGGGCAGCATCGAGGTCCTGGCCGATCAGCACCAGGCGGGTGATGCGCGGCTCGTCGGCGCGCCAGGCGCGGTCGAAGTGCTTGTCGAAACGGGTGCCCACGCCTTGTACCAGCAGCCGCATCGGCTTGCCCGGGATGGCGGCGAAGCCTTTGGCGCGCAGGATACCGAACTCCACCACCAACTGGGTCAATGCATCGAGCAGCAGGC > NC_002947/3980589‑3980878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |