Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,635,500 | C→A | 61.9% | E86* (GAA→TAA) | uvrY ← | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,635,500 | 0 | C | A | 61.9% | 29.8 / 56.1 | 50 | E86* (GAA→TAA) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/10); new base A (9/22); total (18/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01 |
AGCGCCAACTGCTGGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCC > NC_002947/4635352‑4635642 | aGCGCCAACTGCTGGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCACGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTc > 6:245704/1‑149 (MQ=255) gcCAACTGCTGGTCGAGCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTc < 8:64145/149‑1 (MQ=255) gacAACTGCTGGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCGAGACGATTGGCCTGGACCTTTTCGTCAAGGGCTGCACCCTTGGTCATGTAGACGTGAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTc < 5:379105/147‑1 (MQ=255) aCTGCTGGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGcac < 3:154636/149‑1 (MQ=255) tgctgGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCacac > 2:280378/1‑149 (MQ=255) ctgGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCacac < 7:49891/147‑1 (MQ=255) cGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCAcc < 5:22838/149‑1 (MQ=255) cGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTa > 1:44201/1‑149 (MQ=255) atatAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGCCCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGAt > 5:31437/1‑149 (MQ=255) atatAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTg < 3:221180/147‑1 (MQ=255) taGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTc < 1:215811/149‑1 (MQ=255) aGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGt > 8:56816/1‑147 (MQ=255) cGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTg > 2:297313/1‑149 (MQ=255) ggCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCgcagca < 2:232788/149‑1 (MQ=255) ggCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCgcagca < 8:197607/149‑1 (MQ=255) ggCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCAAACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCgcagca < 1:274494/149‑1 (MQ=255) cAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGtt > 8:234540/1‑149 (MQ=255) aGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGttt < 1:280378/149‑1 (MQ=255) gAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCgg < 5:45024/149‑1 (MQ=255) aTGGGCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCATGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTCTGGGGAACGGGTCGTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTCGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGt > 1:182445/1‑149 (MQ=255) cTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCt > 6:387031/1‑149 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCa < 7:234540/149‑1 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCa < 1:14019/149‑1 (MQ=255) aCCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAg > 8:313200/1‑149 (MQ=255) tttCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGgccg > 5:127408/1‑149 (MQ=255) gTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTGGAGgccaccc < 3:227084/148‑2 (MQ=255) tCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGAt > 2:51810/1‑149 (MQ=255) ggCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCg < 6:144845/149‑1 (MQ=255) gCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCgg < 7:313200/149‑1 (MQ=255) gCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCgg < 5:387031/149‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc < 6:127408/149‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc < 7:56816/149‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAtttt > 1:4603/1‑148 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGGCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc < 5:245704/149‑1 (MQ=255) tCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCTCTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatcc < 2:172280/149‑1 (MQ=255) gCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGca > 7:69750/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc > 7:203944/1‑135 (MQ=255) ccGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc < 8:203944/135‑1 (MQ=255) gcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGGAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCg > 8:191298/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg < 1:297313/149‑1 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGTATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTc < 1:51810/149‑1 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTc < 8:144898/149‑1 (MQ=255) cGTGTGGGGAACGGGTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc < 6:385129/149‑1 (MQ=255) tgtgGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCa < 8:69750/149‑1 (MQ=255) gAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGttt > 7:313883/1‑147 (MQ=255) gggTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGc < 6:31437/149‑1 (MQ=255) gggTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatccat < 7:46048/107‑1 (MQ=255) gggTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatccat > 8:46048/1‑107 (MQ=255) ggTCTTACTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGcc < 2:4603/149‑1 (MQ=255) gTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGttt < 3:62326/123‑1 (MQ=255) gTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGttt > 4:62326/1‑123 (MQ=255) | AGCGCCAACTGCTGGGCGATCTGCGGGCTGATATAGCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCC > NC_002947/4635352‑4635642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |