| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,929,668 | C→T | 6.5% | Q168Q (CAG→CAA) | cheA ← | chemotaxis histidine kinase CheA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,929,668 | 0 | C | T | 6.5% | 233.2 / 3.6 | 76 | Q168Q (CAG→CAA) | cheA | chemotaxis histidine kinase CheA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/38); new base T (2/3); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
CATTGAACTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGC > NC_002947/4929520‑4929811 | cATTGAACTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAAc < 1:47875/149‑1 (MQ=255)cATTGAACTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCCTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAAc < 1:277825/149‑1 (MQ=255) aTTGAACTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACt > 5:393381/1‑149 (MQ=255) gAACTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCAAGCGAATCGAGCAACTGc < 8:272176/148‑1 (MQ=255) aaCTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCt < 3:126054/148‑1 (MQ=255) aaCTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTc > 4:172679/1‑149 (MQ=255) cTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCg > 8:242315/1‑148 (MQ=255) gCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAGTTGCTCGattc < 7:285804/149‑4 (MQ=255) gCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAAc > 8:70645/1‑148 (MQ=255) gCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTg < 7:242315/148‑1 (MQ=255) gCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTCCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGNCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACt < 7:229039/147‑1 (MQ=255) ccGTGCATCTTGCCTAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGGCCCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTg < 1:304640/148‑1 (MQ=255) ccGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGt < 7:123757/148‑1 (MQ=255) ccGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGt < 4:186120/148‑1 (MQ=255) tGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCACTGAGTGTCTGGGCATGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGt < 1:128389/149‑1 (MQ=38) aaCTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGAt < 5:69314/149‑1 (MQ=255) aaCTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGAt < 3:135690/149‑1 (MQ=255) aaCTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCGTGATAGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACAGTCAGTGAt > 4:209620/1‑149 (MQ=255) cTGGTCTAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGt < 3:326292/149‑1 (MQ=255) gTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCt > 6:128945/1‑149 (MQ=255) tCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTg > 1:260675/1‑149 (MQ=255) gAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTACATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGgt > 1:239997/1‑149 (MQ=255) gcGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGc < 6:393381/149‑1 (MQ=255) gAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTcctcg < 5:128945/148‑1 (MQ=255) aaCTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTcctcggc < 4:372881/149‑1 (MQ=255) ggagTCGGTGATATCATGACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCTG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGATTCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTcctcggcctcgg < 7:140638/146‑1 (MQ=255) ggCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTcctcggcctcg < 7:70645/148‑1 (MQ=255) gATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCtc > 7:270117/1‑148 (MQ=255) tttCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCa < 4:230770/149‑1 (MQ=255) catcaCCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCa > 1:176594/1‑98 (MQ=255) catcaCCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCa < 2:176594/98‑1 (MQ=255) atcaCCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGcca > 5:265273/1‑149 (MQ=255) tcaCCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGccac < 2:239997/149‑1 (MQ=255) cccGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCcaccac > 5:109873/1‑149 (MQ=255) cccGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCcaccac < 2:336599/149‑1 (MQ=255) aCCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCgg > 4:109810/1‑149 (MQ=255) cGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGc > 4:124293/1‑148 (MQ=255) gACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCg > 4:99482/1‑149 (MQ=255) aCAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTg < 2:111622/90‑1 (MQ=255) aCAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTg > 1:111622/1‑90 (MQ=255) gTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGc < 2:35257/149‑1 (MQ=255) tctcGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGcc > 5:78124/1‑149 (MQ=255) ccTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACg < 3:99482/149‑1 (MQ=255) ccTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACg > 6:162895/1‑149 (MQ=255) aTCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGgcgc > 6:305830/1‑149 (MQ=255) cTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCaa < 3:124293/149‑1 (MQ=255) cTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCaa < 6:78124/149‑1 (MQ=255) tcgtcgG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCaa > 8:221281/1‑148 (MQ=255) cgccgcTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAAc > 3:137188/1‑141 (MQ=255) cgccgcTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAAc < 4:137188/141‑1 (MQ=255) gccgcTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGc < 6:173761/149‑1 (MQ=255) gcTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGc < 2:178437/149‑1 (MQ=255) gcTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGc < 6:109873/149‑1 (MQ=255) gcTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGc > 5:372442/1‑149 (MQ=255) gcCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAAc < 4:261643/107‑1 (MQ=255) gcCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAAc > 3:261643/1‑107 (MQ=255) gcCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAgg > 3:189680/1‑149 (MQ=255) gcCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAgg > 3:183619/1‑149 (MQ=255) ccTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGt > 7:260731/1‑149 (MQ=255) gATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCg < 3:172679/148‑1 (MQ=255) gATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCg < 6:372442/148‑1 (MQ=255) aTCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCgg < 5:305830/148‑1 (MQ=255) aTCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGc < 4:36716/149‑1 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGc > 5:232666/1‑148 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGc > 8:10353/1‑148 (MQ=255) aTCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGgc < 7:10353/149‑1 (MQ=255) aTCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGgc > 6:316413/1‑149 (MQ=255) tCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCgg > 8:188386/1‑127 (MQ=255) gCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGa > 1:340833/1‑148 (MQ=255) cGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACa > 4:70320/1‑149 (MQ=255) gttCGAGCAGTTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGgc > 2:128580/3‑104 (MQ=255) gttCGAGCAGTTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGgc < 1:128580/102‑1 (MQ=255) gttCGAGCAGTTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGgcgc < 5:332118/141‑1 (MQ=255) gttCGAGCAGTTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGgcgc > 6:332118/3‑143 (MQ=255) aTCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAgcg < 6:265273/149‑1 (MQ=255) gAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCt < 5:316413/148‑1 (MQ=255) gAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCt < 5:162895/148‑1 (MQ=255) cAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGc > 6:393208/1‑147 (MQ=255) | CATTGAACTGGCCCTTGCCGTGCAACTGGTCGAGCAGCGATTCGAACTCGGCGTCGGTGATTTCATCACCCGCACCGCTGACAGTCTCGCCCTGCATCTGCTCGTCGG‑CCGCCGCTTGCGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGC > NC_002947/4929520‑4929811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |