| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,195,985 | G→A | 5.4% | S177L (TCG→TTG) ‡ | ybgJ ← | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,195,985 | 0 | G | A | 5.4% | 279.5 / 3.2 | 91 | S177L (TCG→TTG) ‡ | ybgJ | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/42); new base A (2/3); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGG > NC_002947/5195840‑5196128 | cacaTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGa < 2:174568/147‑1 (MQ=255)cacaTCACCACCCATGG‑CAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGAt < 4:235665/147‑1 (MQ=255) acaTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATAc > 2:53039/1‑149 (MQ=255) aTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGGGCTCCAGGTCACCGTGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACA‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTg < 7:163832/149‑1 (MQ=255) tCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGc > 8:215259/1‑149 (MQ=255) accaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGcc < 8:370998/148‑1 (MQ=255) accCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCGGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGt < 2:287339/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCAGTATCGCCGGGtg < 3:252692/149‑2 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCTCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GTGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAg < 8:2143/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAg > 4:288027/1‑149 (MQ=255) aTGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGtctt > 2:162036/1‑145 (MQ=255) gCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGgccgc < 7:298228/149‑1 (MQ=255) gCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGgccgc > 2:224771/1‑149 (MQ=255) cAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGccgccg > 7:118602/1‑149 (MQ=255) ggAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGCTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCACGAACAGGTTCCAGCCACCCGCCGATACAGCCCGGTAGGCCGCCGt > 4:120317/1‑148 (MQ=255) aaTTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTg < 6:30370/149‑1 (MQ=255) cagcgAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCTAACAACCGCTCC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCgg < 7:155303/147‑1 (MQ=255) gAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACCCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATAAGGTTCCAGCCACCCGGAGATACTGACGGGTAGCCCGCCGTCTGGCGCTAGGCaa > 8:232093/1‑148 (MQ=255) ccGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑ccc > 1:99673/1‑149 (MQ=255) ggCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCAc > 2:117314/1‑149 (MQ=255) aCGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCt > 5:36038/1‑149 (MQ=255) cGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTg < 8:118602/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGc > 2:102672/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGc > 7:107301/1‑149 (MQ=255) 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gagGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACACCCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑CCGCGCTTGCGTGGGGTAc > 4:25396/1‑149 (MQ=255) ggCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACt < 2:125861/148‑1 (MQ=255) aaCCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGa > 6:244827/1‑149 (MQ=255) aCCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAg > 3:231118/1‑149 (MQ=255) cccTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAgg < 3:6880/149‑1 (MQ=255) 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ggTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGt < 5:55733/149‑1 (MQ=255) ggTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGt < 7:304318/149‑1 (MQ=255) ggTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGt < 1:62910/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTg > 7:316207/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTg < 7:161203/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGc < 2:198175/149‑1 (MQ=255) ccAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCg < 3:234519/148‑1 (MQ=255) cAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGaa < 7:165929/149‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg > 3:292208/1‑82 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg < 4:292208/82‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAg > 4:53867/1‑149 (MQ=255) taCCCGGCAGTATCGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Ac > 6:47916/2‑67 (MQ=37) taCCCGGCAGTATCGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Ac < 5:47916/66‑1 (MQ=37) aCCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGcc > 8:295268/1‑147 (MQ=255) aCCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGAGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGccc < 1:53039/149‑1 (MQ=255) ccGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAgg > 5:125814/1‑149 (MQ=255) | CACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGG > NC_002947/5195840‑5196128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |