| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,195,989 | C→T | 5.7% | V176I (GTA→ATA) | ybgJ ← | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,195,989 | 0 | C | T | 5.7% | 268.1 / 4.2 | 88 | V176I (GTA→ATA) | ybgJ | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/40); new base T (2/3); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
ACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGG > NC_002947/5195841‑5196128 | acaTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATAc > 2:53039/1‑149 (MQ=255) aTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGGGCTCCAGGTCACCGTGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACA‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTg < 7:163832/149‑1 (MQ=255) tCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGc > 8:215259/1‑149 (MQ=255) accaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGcc < 8:370998/148‑1 (MQ=255) accCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCGGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGt < 2:287339/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCAGTATCGCCGGGtg < 3:252692/149‑2 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCTCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GTGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAg < 8:2143/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAg > 4:288027/1‑149 (MQ=255) 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ccGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑a < 8:107301/149‑1 (MQ=255) ccGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACAGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGCGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑a > 7:168394/1‑149 (MQ=255) gTCATCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Acgc < 3:239811/149‑1 (MQ=255) aCCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCt > 5:147326/1‑149 (MQ=255) gCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTg < 1:41134/148‑1 (MQ=255) 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cccTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAgg > 7:105270/1‑149 (MQ=255) ccTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAggg > 3:204284/1‑149 (MQ=255) ctcacgctcacgGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGc > 5:137996/1‑149 (MQ=255) acgctcacgGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTg < 4:231118/148‑1 (MQ=255) ctcacgGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCa < 3:288027/149‑1 (MQ=255) acgGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGgc < 5:244827/149‑1 (MQ=255) acgGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGgc > 2:62910/1‑149 (MQ=255) ggTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGgcgc > 8:86914/1‑149 (MQ=255) gAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCtcgt < 6:23727/149‑1 (MQ=255) aacaacCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCtcgtc > 8:308823/1‑149 (MQ=255) aacaacCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCtcgtc > 3:90196/1‑149 (MQ=255) acaacCGCCCCGGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCtcgtc < 2:165572/149‑1 (MQ=255) acaacCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCtcgtc > 5:276204/1‑148 (MQ=255) aacCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTgg > 8:149997/1‑133 (MQ=255) aacCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTgg < 7:149997/133‑1 (MQ=255) aacCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGAc < 2:99673/149‑1 (MQ=255) ccGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑a < 5:65800/149‑1 (MQ=255) cACC‑GGGGTGCGCCCGATCGGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGc > 3:122972/1‑149 (MQ=255) cACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCCTCCGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑Agg < 1:102672/149‑1 (MQ=255) aCC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGcc > 8:165929/1‑149 (MQ=255) 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ggTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGt < 7:86914/149‑1 (MQ=255) ggTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGt < 7:304318/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTg > 7:316207/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTg < 7:161203/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGc < 2:198175/149‑1 (MQ=255) ccAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCg < 3:234519/148‑1 (MQ=255) cAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGaa < 7:165929/149‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg > 3:292208/1‑82 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg < 4:292208/82‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAg > 4:53867/1‑149 (MQ=255) taCCCGGCAGTATCGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Ac > 6:47916/2‑67 (MQ=37) taCCCGGCAGTATCGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Ac < 5:47916/66‑1 (MQ=37) aCCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGcc > 8:295268/1‑147 (MQ=255) aCCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGAGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGccc < 1:53039/149‑1 (MQ=255) ccGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAgg > 5:125814/1‑149 (MQ=255) | ACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGG > NC_002947/5195841‑5196128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |