| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,195,990 | T→C | 5.7% | A175A (GCA→GCG) | ybgJ ← | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,195,990 | 0 | T | C | 5.7% | 256.8 / 3.1 | 88 | A175A (GCA→GCG) | ybgJ | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/40); new base C (2/3); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAACACCG > NC_002947/5195843‑5196138 | aTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGGGCTCCAGGTCACCGTGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACA‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTg < 7:163832/149‑1 (MQ=255) tCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGc > 8:215259/1‑149 (MQ=255) accaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGcc < 8:370998/148‑1 (MQ=255) accCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCGGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGt < 2:287339/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCAGTATCGCCGGGtg < 3:252692/149‑2 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCTCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GTGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAg < 8:2143/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAg > 4:288027/1‑149 (MQ=255) aTGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGtctt > 2:162036/1‑145 (MQ=255) 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ccGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACAGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGCGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑a > 7:168394/1‑149 (MQ=255) gTCATCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Acgc < 3:239811/149‑1 (MQ=255) aCCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCt > 5:147326/1‑149 (MQ=255) gCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTg < 1:41134/148‑1 (MQ=255) gCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACCGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGCTCAGGGTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCGCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg < 4:256133/148‑1 (MQ=255) 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ggTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGt < 5:55733/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTg > 7:316207/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTg < 7:161203/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGc < 2:198175/149‑1 (MQ=255) ccAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCg < 3:234519/148‑1 (MQ=255) cAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGaa < 7:165929/149‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg > 3:292208/1‑82 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTgg < 4:292208/82‑1 (MQ=255) aGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAg > 4:53867/1‑149 (MQ=255) taCCCGGCAGTATCGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Ac > 6:47916/2‑67 (MQ=37) taCCCGGCAGTATCGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑Ac < 5:47916/66‑1 (MQ=37) aCCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGcc > 8:295268/1‑147 (MQ=255) aCCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGAGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGccc < 1:53039/149‑1 (MQ=255) ccGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAgg > 5:125814/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAACACCg > 8:32711/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAACACCg > 2:299770/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAACACCg > 5:362392/1‑149 (MQ=255) | ATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACC‑GGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATA‑CCCACGCTGCCCGCCGCC‑ACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAGGGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACC‑AGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAACACCG > NC_002947/5195843‑5196138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |