Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,344,471 | C→T | 9.6% | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,471 | 0 | C | T | 9.6% | 110.2 / 2.5 | 42 | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/19); new base T (2/2); total (20/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.05e-01 |
CAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGC > NC_002947/5344323‑5344617 | caaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGc < 7:336252/149‑1 (MQ=255) gCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AAcgc < 7:191236/149‑1 (MQ=255) tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑GCTCCTACGAGGT‑AAcgcg > 3:303191/1‑149 (MQ=25) tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGtt < 8:6258/149‑1 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTAcc > 2:446/1‑149 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTTGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCAACCCAAGGCCTGATCAACTTCTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTTTGCCGTGCTCTTCGCGGGTAAACCCTC‑T‑‑CCTACGAGGT‑AACGCGTTGcc < 6:373336/149‑1 (MQ=21) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTACCTCGt < 1:292802/149‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTa < 6:137610/149‑1 (MQ=255) 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tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCCGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCggggt > 7:62927/1‑146 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAAAC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGGTACCTAGTAGGGGCGGGttttgcc > 7:246412/1‑145 (MQ=38) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑ACCGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCc‑g > 6:174374/1‑149 (MQ=255) aGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGaa < 1:446/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAgg < 3:314019/149‑1 (MQ=255) 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aCCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc < 2:118754/110‑1 (MQ=255) aCCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc > 1:118754/1‑110 (MQ=255) cAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 6:368179/1‑149 (MQ=255) cAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 5:396492/1‑149 (MQ=255) ggC‑AACGCTTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc < 5:387136/149‑1 (MQ=255) | CAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACC‑‑C‑G‑‑CCTACCAGGC‑AACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTT‑ACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGC > NC_002947/5344323‑5344617 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |