Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,485,109 | A→T | 8.2% | intergenic (+15/‑132) | purH → / → purD | bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase/phosphoribosylamine‑‑glycine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,485,109 | 0 | A | T | 8.2% | 128.1 / 2.4 | 49 | intergenic (+15/‑132) | purH/purD | bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase/phosphoribosylamine‑‑glycine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/28); new base T (2/2); total (19/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 |
CAATGCAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGATTCACCGCCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGTGTTCGGCGCAAGCCACGGGATCACTTGAATCGAGGTTTTGACATGAAAGTTTTG > NC_002947/5484962‑5485252 | cAATGCAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAg < 8:175291/149‑1 (MQ=255) aTGCAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGc < 5:93696/149‑1 (MQ=255) gCAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGc > 5:146857/1‑147 (MQ=255) gCAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGc > 2:41832/1‑147 (MQ=255) cAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAg < 4:270441/149‑1 (MQ=255) cAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAg > 2:232221/1‑149 (MQ=255) aGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGTGGcttgc > 4:245518/1‑145 (MQ=255) aGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGt > 6:286982/1‑149 (MQ=255) gCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTc > 1:300768/1‑149 (MQ=255) cTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCg < 1:153323/149‑1 (MQ=255) gTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATc > 1:362550/1‑149 (MQ=255) gTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATc < 7:81214/149‑1 (MQ=255) tGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATc‑c > 2:161465/1‑149 (MQ=255) tCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTgg < 2:362550/148‑1 (MQ=255) tCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTgg < 5:292176/148‑1 (MQ=255) tCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTgg < 2:300768/148‑1 (MQ=255) tCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTgg < 8:354530/148‑1 (MQ=255) ccGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCggg > 2:59720/1‑149 (MQ=255) cGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGc > 2:45418/1‑149 (MQ=255) aTCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGc > 8:303880/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCgaga > 5:349193/1‑127 (MQ=255) ccAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCgaga < 6:349193/127‑1 (MQ=255) cAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCcg > 2:47130/1‑149 (MQ=255) aGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCcg‑c < 1:161465/149‑1 (MQ=255) gCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTgg < 8:145905/132‑1 (MQ=255) gCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTgg > 7:145905/1‑132 (MQ=255) ccGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGTGGCTTGCGCCGAACACTGTGGGAGCGGGCTTGCCcg‑c > 2:264115/1‑148 (MQ=37) ttCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGAtg < 5:286982/149‑1 (MQ=255) tCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCGGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGAtgg < 8:166831/149‑1 (MQ=255) tGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAGGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGa < 6:217239/149‑1 (MQ=255) gCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGa < 1:41832/148‑1 (MQ=255) gTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGATTc < 6:393006/149‑1 (MQ=255) cTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGTGGCTTGCGCCGAACACTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATGCGGCGGTGAATCCAcca < 1:264115/148‑2 (MQ=18) cTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGGTTTCGCG‑CGCATAAGGTGGTGGGTTAAccccc > 7:93262/1‑149 (MQ=255) cTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATGCGGCGGTGAATCCAccatc < 1:59720/149‑4 (MQ=38) cTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGATTCAccgcc < 1:45418/149‑1 (MQ=255) aaGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGTGGCTTGCGCCGAACACTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATGCGGCGGTGAATCCAccatc < 3:245518/147‑4 (MQ=17) aaGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATGCGGCGGTGAATCCAccatcgta < 7:303880/149‑7 (MQ=37) aTCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑Ctgt > 8:305708/1‑99 (MQ=255) aTCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑Ctgt < 7:305708/99‑1 (MQ=255) tCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCCGAATACGATGGTGGATTCACCGCCGCATTcgc < 1:47130/149‑1 (MQ=255) gctgctGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGATTCACCGCCGCATTCGCgg < 6:146857/148‑1 (MQ=255) tgcCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGaa < 8:90144/112‑1 (MQ=255) tgcCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGaa > 7:90144/1‑112 (MQ=255) cgggCATCGCTATGGGCTTAACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTCCGCGCATCCCGAGGCAAGGCTACATC‑CTGGGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CTAATACGATGGTGGATCCACCGCCGCATTCGCGGGAAAGCCCGCTCCcaca < 6:102578/147‑1 (MQ=255) cACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGGATACGAAGGTGGATTAAACGCCGCATTAGCCGGCAAGCCCCCGCCCCCCCTGTTCGGCGCAAGCCCCg > 6:372635/1‑149 (MQ=255) aTGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGTATCCCGAGGCAAGGCGATATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGTATTCACCGCCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGTGTTCGGCGCAAGCCACGGGATCAc < 4:117471/149‑1 (MQ=255) ggATCCCTAGGCATGTCGATATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CTAATAGTTTGGGGGATTCACCGCCGCATTCGGGGGAAAGCCCGCTCCCACAGTGTTCGGCGCAAGCCACGGGATCACTTGAATCGAGGTTTTGACATGAAAGtt < 5:134140/149‑1 (MQ=255) tCCCGAGGCAAGGCGACATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCGG‑CTAATACGATGGTGGATTCACCGCCGCATTGGCGGGAAAGCCCGCTCCCACAGTGTTCGGCGCAAGCCACGGGATCACTTGAATCGAGGTTTTGACATGAAAGTTTTg < 1:232221/149‑1 (MQ=255) | CAATGCAGCTAAAGTGGGTATCAGCGCCGTGATCCAGCCGGGTGGTTCGATGCGTGATGCTGAAGTCATCGCTGCTGCCGACGAGGCCGGCATCGCGATGGTCTTCACTGGCATGCGCCACTTCCGCCACTAATTACGCGGATCCCGAGGCAAGTCGAGATC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG‑CGAATACGATGGTGGATTCACCGCCGCATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGTGTTCGGCGCAAGCCACGGGATCACTTGAATCGAGGTTTTGACATGAAAGTTTTG > NC_002947/5484962‑5485252 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |