Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 365,894 | C→T | 8.3% | A54V (GCG→GTG) | cdhR → | HTH‑type transcriptional regulator CdhR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 365,894 | 0 | C | T | 8.3% | 133.9 / 3.1 | 48 | A54V (GCG→GTG) | cdhR | HTH‑type transcriptional regulator CdhR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/20); new base T (2/2); total (26/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
TGGAGACGATTGCCTTTCTGTTGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTCAACCACGAAGCTGTC > NC_002947/365750‑366042 | tgGAGACGATTGCCTTTCTGTTGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGTGa < 4:80436/147‑1 (MQ=255) tgGAGACGATTGCCTTTCTGTTGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGTGa > 3:80436/1‑147 (MQ=255) gagaCGATTGCCTTTCTGTTGGTGCACGGCTTTTCTGCCATGCGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCCCTGCGCGTGGCCAATCGTTTTCGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCATTGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGcca > 4:378059/1‑147 (MQ=255) aCGATTGCCTTTCTGTTGGTGGCGGTCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATgg < 3:378059/149‑1 (MQ=255) ttGCCTTTCTGTTGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATg < 6:55131/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAatg > 6:265859/1‑149 (MQ=255) ttGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAatgc < 5:280641/149‑1 (MQ=255) atgttgggCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTAGTCTGTGGTGCGACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCCGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAatgccga < 1:236577/143‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCTTGTCGATCAatgccgat > 4:121050/1‑149 (MQ=255) tGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGAt < 1:55639/139‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGAt > 2:55639/1‑139 (MQ=255) tGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAatgccgat > 6:73957/1‑149 (MQ=255) cccGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCTGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCGTGGCCGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCT‑ATGGCATGGCGATCAatgccgatgc > 6:204267/1‑149 (MQ=255) cccGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTATCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAatgccgatgc > 7:341801/1‑149 (MQ=255) ccgCTTTTCTGCCATGGGGAAAATTTCGGCAGTCGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGCGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCATGGACGGTGAGGCGGTTCTCGCGAGCA‑ATGGAATGTCGATCAatcccga > 2:236577/3‑144 (MQ=255) cGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAatgccgatgccg > 3:139308/1‑149 (MQ=255) ttttCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGa > 2:327486/1‑130 (MQ=255) ttttCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGa < 1:327486/130‑1 (MQ=255) tgtGCCATTGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCAGTGCGGGTGGCCAATCGTGTTGCTGGGCAGGTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTgg < 8:277658/146‑1 (MQ=255) aTTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGc > 6:329572/1‑149 (MQ=255) aTTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGc > 5:162813/1‑149 (MQ=255) aTTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGGGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGc < 5:329572/149‑1 (MQ=255) aGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATcc > 7:24145/1‑149 (MQ=255) ggAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCctgc > 5:77323/1‑149 (MQ=255) aGCCACTTCGGGTTGCCTATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGGGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCGGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCctgctg < 8:341801/149‑1 (MQ=255) gCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCtgg < 6:77323/149‑1 (MQ=255) cACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCtggtg < 5:265859/149‑1 (MQ=255) aaTCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCg > 7:344552/1‑148 (MQ=255) tCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCtggt > 6:334029/1‑132 (MQ=255) tCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGCTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCtggt < 5:334029/132‑1 (MQ=255) ggtggGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTgg < 4:139308/148‑1 (MQ=255) gtggGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCAGATGGCATGTCGATCAATTCCGATTCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATGCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGc > 1:309319/1‑149 (MQ=255) gtggGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGc < 6:162813/148‑1 (MQ=255) ggCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAAt > 2:319874/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAActgct < 1:171562/149‑1 (MQ=255) ggTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACtgctgc < 8:344552/149‑1 (MQ=255) tGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCAt < 2:309319/149‑1 (MQ=255) gCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCgg < 1:350480/107‑1 (MQ=255) cTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGc > 5:123572/1‑149 (MQ=255) cTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGc < 8:24145/149‑1 (MQ=255) ttAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCg > 1:232025/1‑149 (MQ=255) gACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCg > 8:309592/1‑149 (MQ=255) tGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTc > 2:33598/1‑148 (MQ=255) gAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTCaa > 4:283418/1‑149 (MQ=255) gCGGTGCTGGTGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGtt > 4:196540/1‑134 (MQ=255) gCGGTGCTGGTGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGtt < 3:196540/134‑1 (MQ=255) gCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTCAACCAc < 6:118734/141‑1 (MQ=255) gCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTCAACCAc > 5:118734/1‑141 (MQ=255) cGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTCAACCACGAAGCTGTc < 6:123572/149‑1 (MQ=255) cGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTCCATGCGTTGCGCCGGCTCAACCACGAAGCTGTc < 5:73957/149‑1 (MQ=255) | TGGAGACGATTGCCTTTCTGTTGGTGCCCGGCTTTTCTGCCATGGGGTTCATTTCGGCAGTGGAGCCACTGCGGGTGGCCAATCGTTTTGGTGGGCAGTTGTACCGGTGGCAGGTGCTTAGCCTGGACGGTGAGGCGGTGCTGGCGAGCA‑ATGGCATGTCGATCAATGCCGATGCCGCCCTGGGGGAGGGCGAGCCGGCCAACATCCTGCTGGTGGTCGCGGGCTTCGAACCACTGGCCAATGTCGCACCCAAACTGCTGCATGCGTTGCGCCGGCTCAACCACGAAGCTGTC > NC_002947/365750‑366042 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |