Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,537,067 | A→G | 10.2% | intergenic (+44/+59) | nadE → / ← PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,537,067 | 0 | A | G | 10.2% | 124.6 / 5.8 | 50 | intergenic (+44/+59) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/23); new base G (2/3); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 |
TGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTT > NC_002947/5536921‑5537212 | tGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAAc < 4:27864/149‑1 (MQ=255) ccTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAAcc < 8:127772/148‑1 (MQ=255) ccTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAAcc < 3:78105/148‑1 (MQ=255) cTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGAGGGTTCACCCGGGGATAAGAGGGTGAACCCa > 6:390270/1‑149 (MQ=255) ttCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCAc > 1:313188/1‑149 (MQ=255) ttCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCAc > 3:18873/1‑149 (MQ=255) ccTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCAcc < 2:280229/148‑1 (MQ=255) gggCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCCGGAATACGCGGGGGCACCCACCGACGCCtt > 8:252032/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGACGGTGAACCCACCGACGCATTcg > 1:257753/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTcgc < 5:153625/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTcgc < 2:313188/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTcgc < 4:18873/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 3:9038/149‑1 (MQ=25) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 5:211390/149‑1 (MQ=25) ccGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCggg < 8:84124/149‑1 (MQ=255) cGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAACCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGt < 6:37553/149‑1 (MQ=255) gTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAAACCGCGCATACGAGGGTTAACCCACCCACCCATTAGCGGGTg > 3:337611/1‑148 (MQ=255) gACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAAc < 5:156190/148‑1 (MQ=21) cAGGCAGTGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGc < 2:7000/149‑1 (MQ=255) atcG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCt < 3:24169/135‑1 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGCATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCGGGGTTCGCCGTCAGc > 5:347581/1‑149 (MQ=255) cACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGAATATGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTGCGGGCGGGTTCGGCGTCAGCCgtt > 6:83460/1‑149 (MQ=37) gCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCCCGAATAAGAGGGTGAACCCCCCGAACCAATACCCGGTGAACCCCCGCCAGCCCGGTTCGCCGGGTGCCGTTGATTaaat > 8:187790/1‑146 (MQ=255) acgccccACCCCAAGCGCCACCTCCCGTTCGCTCCTTTATAAGTGCCCTGCTGGAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTCAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGa < 3:237711/145‑1 (MQ=25) aaGCCCCAGCCCAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGGGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGa < 7:252032/149‑1 (MQ=255) aaGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGCGATTACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCCCGGGTGCTCCCGCTCCTGCACGGTTCGCCGGCAGCCATTGATTACTTGa > 7:258953/1‑149 (MQ=255) cccAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGCATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCGCCAGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACATGACGAt > 6:397433/1‑149 (MQ=255) ccaccaCACGCGCCAACTGCCGTACGCTCATTGATATGGGGCCTCCAGGTGCGGGTACACCCGCTAATACTAGGGTTAACCCACCGACGCATGCGGGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATg < 7:148356/149‑1 (MQ=255) acacGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGCCGTGCAGCAGCGGGTTCACCCGCGTATACGAGGGGTAACCCACCGACGCATTGGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCtt < 5:390270/149‑1 (MQ=255) aaGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGGGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc < 5:397433/149‑1 (MQ=255) aGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCTGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGcc < 7:187790/149‑1 (MQ=255) gcggtgcGCTCCTTTATACGGGGCCGCCCGCCGCGGGTCCCCCCGCTAATACGCGGGCCACCCCACCCACGCATTCGCGGGTCACCCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc < 2:206459/143‑1 (MQ=255) ccGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCTAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc < 1:131243/148‑1 (MQ=255) 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ccGCGAATACGAGGGTGACCCCACCGACGCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGCGAAGGTGCAGAAGAAGATGTAGTcacca > 5:112244/1‑149 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGAtgt < 6:134124/114‑1 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGAtgt > 5:134124/1‑114 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcacca > 7:317449/1‑149 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcacca > 2:151459/1‑149 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTa > 1:189692/1‑140 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTa < 2:189692/140‑1 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCaccacc > 5:120084/1‑149 (MQ=255) aaTACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGc < 8:197497/149‑1 (MQ=255) gggTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGc > 6:168440/1‑149 (MQ=255) ggTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCt > 6:166212/1‑149 (MQ=255) gTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCtt > 8:177024/1‑149 (MQ=255) | TGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCG‑TCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTT > NC_002947/5536921‑5537212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |