New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 6130933 = | 39 (1.090) | 5 (0.150) | 5/276 | 3.8 | 11.8% | coding (589/1080 nt) | copB‑II | copper resistance protein B |
? | NC_002947 | 6130954 = | 38 (1.120) | coding (568/1080 nt) | copB‑II | copper resistance protein B | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAGCTCCCCATGTCTGAGGAGATCCTGGTTGGAAGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATGCCCGCCCAACGGA > NC_002947/6130807‑6131099 | aaGCTCCCCATGTCTGAGGAGATCCTGGTTGGAAGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGAt < 1:39828/148‑1 (MQ=255) ccATGTCTGAGGAGATCCTGGTTGGAAGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGc > 8:111535/1‑148 (MQ=255) ggagATCCTTGTTGGAAGTCTTGGCGCAACCCAGCGACCACATCCCAACATGTGCTAATTGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGATCAACTTCTGATCGGATCCACAGCCGGTTGata < 4:133966/147‑1 (MQ=255) aaGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGTAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATc < 7:139419/148‑1 (MQ=255) aaGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATc < 8:74732/148‑1 (MQ=255) aGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCAt > 2:4039/1‑146 (MQ=255) gTCTTGGTGCACCCCAGCGACCACATCCCAGCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGATGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCa < 8:76725/148‑1 (MQ=255) ttGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGaa < 3:102912/148‑1 (MQ=255) ttGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGaa > 1:16524/1‑148 (MQ=255) gcgcACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGaa < 2:204245/145‑1 (MQ=255) gcACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCtgc < 1:138948/148‑3 (MQ=255) gcACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTc < 7:172205/148‑1 (MQ=255) cccAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCaa > 1:67518/1‑148 (MQ=255) cccAGCGACCACATCCAACCATGGGCTAATGGAAGGCCCATAAAGAATCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGATCACCTTCGGAGAGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCaa < 6:45608/148‑1 (MQ=255) gACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAgc > 3:66501/1‑148 (MQ=255) cacaTCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACCGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAgcgcg > 3:105127/1‑148 (MQ=255) tcgcaccaTGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGc < 1:190476/145‑1 (MQ=255) cccACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGcc < 4:91104/148‑1 (MQ=255) accaTGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTc > 3:173053/1‑148 (MQ=255) caTGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGt < 2:135846/148‑1 (MQ=255) aTGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTc < 6:140699/148‑1 (MQ=255) tGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCACCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCt < 4:119971/148‑1 (MQ=255) tAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATc > 8:144644/1‑148 (MQ=255) ccATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCaa > 7:104306/1‑148 (MQ=255) gtaGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATc < 7:52612/146‑1 (MQ=255) gAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATc < 7:111535/148‑1 (MQ=255) cTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGgaa > 1:78750/1‑147 (MQ=255) cAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCACGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCGGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGgaagaa > 7:152993/1‑148 (MQ=255) tCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGt < 7:31279/148‑1 (MQ=255) tCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGa > 2:139128/1‑148 (MQ=255) gCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTg > 7:128849/1‑148 (MQ=255) gCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTg > 4:53697/1‑148 (MQ=255) ccATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGt < 2:78750/148‑1 (MQ=255) aTTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCa > 2:155030/1‑148 (MQ=255) cTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATcg > 4:49739/1‑126 (MQ=255) ttCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCCACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATgcccg > 6:55987/1‑148 (MQ=255) ttCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATcgc < 3:49739/126‑1 (MQ=255) ttCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATgcccg < 7:160482/148‑1 (MQ=255) gCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATGCCCGCCCAAc < 1:155030/148‑1 (MQ=255) cGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATGCCCGCCCAACg < 4:66501/148‑1 (MQ=255) gATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATGCCCGCCCAACgga < 4:104910/148‑1 (MQ=255) gATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATGCCCGCCCAACgga < 8:93239/148‑1 (MQ=255) | AAGCTCCCCATGTCTGAGGAGATCCTGGTTGGAAGTCTTGGCGCACCCCAGCGACCACATCCCACCATGGGCTAATGGAACGCCCATACAGAAGCTGCAACTCAGCGTCCTCGGTGACGCCATTCGTCCGCTCACCTTCGGAGCGGATCCACAGCCGGTTGATATCGCCGCCAACCCATCCAGAAGCTTCCCAAGCCAGCGCGCTGCCTTCGTCTGCATCCTGGTACTCAAGCTTATCTAGCAGGAAGAAGCTGTTGATCGCGCTGTCATGCATCTGATGCCCGCCCAACGGA > NC_002947/6130807‑6131099 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |