Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 82.0% | 105.7 / 20.7 | 39 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/0); new base C (13/19); total (20/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGC > NC_002947/1126499‑1126782 | ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCGCGAAAGCGGAGGTTTTGGCACCCTCGCATT‑AGC‑GGGT‑aaaac > 2:287794/1‑147 (MQ=255) ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGATTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑c‑ccgctc < 1:27311/149‑6 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGGATAGCCCCCATCGCATT‑AGCGGGGT‑AAC‑C‑CGCGCCGaca > 2:54245/1‑146 (MQ=255) 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7:294483/1‑120 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg > 3:248598/1‑124 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg < 1:34040/124‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg > 2:34040/1‑124 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg < 4:248598/124‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGAACACCAGGTTGCGGTCGc > 7:319117/1‑149 (MQ=255) gCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatc < 3:110995/110‑1 (MQ=255) 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6:108329/1‑95 (MQ=255) | GGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGC > NC_002947/1126499‑1126782 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |