| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,602 | 0 | C | A | 31.4% | 57.4 / 11.1 | 35 | intergenic (‑56/+93) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/21); new base A (11/0); total (14/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.72e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCG > NC_002947/1126465‑1126745 | cAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCg < 5:293199/149‑1 (MQ=255) gcgcATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGta > 7:263800/1‑148 (MQ=255) gcgcATAGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCAGATGCCTATCTTGATCAGGTCGATGACGCTCAGTGACATGTGGACGTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGtat < 4:258195/149‑1 (MQ=255) ggCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCCTAAGCGGAGGTATAGccacc > 2:27311/1‑148 (MQ=255) ccGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATc < 7:323746/149‑1 (MQ=255) cGACCGTGTGGGAGCTTGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCg < 3:220604/149‑1 (MQ=255) aCCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCa < 1:87098/149‑1 (MQ=255) tgGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑cgc < 5:189393/148‑1 (MQ=255) ggAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑gg < 1:121867/148‑1 (MQ=255) ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCGCGAAAGCGGAGGTTTTGGCACCCTCGCATT‑AGC‑GGGT‑aaaac > 2:287794/1‑147 (MQ=255) ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGATTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑c‑ccgctc < 1:27311/149‑6 (MQ=255) tgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑ggg > 7:263361/1‑132 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGGATAGCCCCCATCGCATT‑AGCGGGGT‑AAC‑C‑CGCGCCGaca > 2:54245/1‑146 (MQ=255) gatCTTGAACAGGGCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACaga < 3:221597/148‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGAAAGGGGGGGTATAGGCACCCTAGCCTT‑AGCGGGGT‑AAC‑C‑CCCGCCGACCCAGAGCCCGcc > 5:14218/1‑149 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACagag < 7:364447/143‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCCAATGCGGAGGTATAGCCACCAACGCAAT‑AGC‑CGGT‑AAACC‑CCCGACGACACAGACCCCGcc > 5:557/1‑149 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑AGC‑GGGT‑AAA‑CACGCTCCGACACAGAGCCCGCCACCCaa > 7:256968/1‑149 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCCCGAATGCGGGGGTATAACCACCCACGCCAT‑AGCGGGGA‑AAA‑C‑CCCGCCGACAAAAAACCCCCCAccccac > 6:119312/1‑146 (MQ=255) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑ggg < 4:18376/112‑1 (MQ=255) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑ggg > 3:18376/1‑112 (MQ=255) agggACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGGACATTCAGCCCTGTAGGCGCGGGTTAACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCg < 3:315543/144‑1 (MQ=38) tGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCCAATGCGGAGGGATAGCCACCAAAGCAAT‑AGCGGGGA‑AAA‑C‑CCCGCCAACAAAAAGCCCCCCCCCCCACCCAcggggcggggg > 4:116102/1‑148 (MQ=255) ctcATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGCACATTGAGCCCTGAAGGCGCGCGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATACCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAg < 7:46307/147‑1 (MQ=38) aCCTCCTCCCATGTGTGTGGGTGGACATTGAGCCCTGAAGGCCCTGGTTTACCCGCGAATGCGGTGGTATAGCCTCCACCGCATT‑CTC‑GGGT‑AAACC‑CGCGCCAACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg < 6:356675/149‑1 (MQ=255) 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gggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCCGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCt < 7:165037/126‑1 (MQ=255) gACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGTTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGa < 1:263555/135‑1 (MQ=255) gCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAgg < 5:119312/149‑1 (MQ=255) ccTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgcg < 1:54245/149‑1 (MQ=255) tttACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 1:287794/149‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg > 7:294483/1‑120 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg < 4:248598/124‑1 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg > 3:248598/1‑124 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg > 2:34040/1‑124 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAACC‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACgg < 1:34040/124‑1 (MQ=255) | CAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGGT‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCG > NC_002947/1126465‑1126745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |