Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,221,923 | Δ1 bp | 6.9% | coding (667/840 nt) | PP_4602 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,221,923 | 0 | G | . | 6.9% | 184.5 / 7.0 | 58 | coding (667/840 nt) | PP_4602 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/29); new base . (2/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 |
CTGGCGCGGCGTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGCTCGTCCACT > NC_002947/5221783‑5222059 | cTGGCGCGGCGTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGatcatc < 4:257660/148‑1 (MQ=255) gcgcGGCGTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGcc < 3:102513/149‑1 (MQ=255) gcgTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGc < 1:117626/149‑1 (MQ=255) gcgTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGc > 7:233949/1‑149 (MQ=255) gTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGt < 2:70643/149‑1 (MQ=255) gCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGt < 1:72664/149‑1 (MQ=255) gTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGaa > 8:173355/1‑149 (MQ=255) gTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGaa > 5:113454/1‑149 (MQ=255) ctTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCt > 3:83219/1‑149 (MQ=255) ttGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCtt > 3:60297/1‑149 (MQ=255) gcggcTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATa < 6:113454/147‑1 (MQ=255) gcggcTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAgc < 5:588/149‑1 (MQ=255) aaGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAg > 6:180417/1‑149 (MQ=255) aGGCNCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGc > 5:62517/1‑149 (MQ=255) gcTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTg > 6:57529/1‑130 (MQ=255) gcTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTg < 5:57529/130‑1 (MQ=255) gcTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTggg < 7:9281/149‑1 (MQ=255) tgGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGcc < 4:110553/147‑1 (MQ=255) gTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTgg < 5:58619/112‑1 (MQ=255) gTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTgg > 6:58619/1‑112 (MQ=255) tCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACgg > 6:109262/1‑148 (MQ=255) tAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATAc < 8:233949/148‑1 (MQ=255) tAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATAc < 1:258278/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCgg > 3:54085/1‑148 (MQ=255) gCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGAGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCaa > 6:264770/1‑149 (MQ=255) aGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATg < 6:62517/149‑1 (MQ=255) gcgcATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCGCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGc < 4:217533/149‑1 (MQ=255) ccACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTg > 4:20237/1‑101 (MQ=255) ccACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTg < 3:20237/101‑1 (MQ=255) cACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCgg > 5:140975/1‑142 (MQ=255) cACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCgg < 6:140975/142‑1 (MQ=255) aTCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGAGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGc < 5:264770/148‑1 (MQ=255) gCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATc > 1:52244/1‑149 (MQ=255) gCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATc > 1:85876/1‑149 (MQ=255) gCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATc < 2:85876/149‑1 (MQ=255) gCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGT‑GATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCg > 8:18354/1‑149 (MQ=255) gCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGT‑GATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCg > 8:22349/1‑149 (MQ=255) gCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCGTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGc < 7:191388/149‑1 (MQ=255) tCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTg > 7:85622/1‑149 (MQ=255) cGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATa > 4:162727/1‑84 (MQ=255) cGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATa < 3:162727/84‑1 (MQ=255) cGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGT‑GATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGt < 7:18354/148‑1 (MQ=255) cGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGT‑GATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGt < 7:22349/148‑1 (MQ=255) aTGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGa > 3:173546/1‑148 (MQ=255) tGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGaaa < 4:54085/149‑1 (MQ=255) cagGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCt > 3:72719/1‑149 (MQ=255) agGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTg < 2:52244/149‑1 (MQ=255) tGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCATTAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAAt < 7:173355/149‑1 (MQ=255) tGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAAt < 2:96695/149‑1 (MQ=255) cATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGc > 6:43432/1‑149 (MQ=255) cATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGc > 2:218437/1‑149 (MQ=255) cATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGc > 3:58159/1‑149 (MQ=255) aTGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGc < 2:6621/116‑1 (MQ=255) aTGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGc > 1:6621/1‑116 (MQ=255) ccAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTg < 6:253517/40‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTg > 5:253517/1‑40 (MQ=255) aGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGCTCGTCCAc < 4:173546/149‑1 (MQ=255) ggCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGCTCGTCCACt < 4:83219/149‑1 (MQ=255) | CTGGCGCGGCGTAAAGCCGGTCAGCTGCTTGAACTGGCGGCTGAAGGCGCTGTGGTCGGTGTAGCCGCAGCGCATCGCCACTTCAGTGATCGGCAGCTCCGAATGCAGCAGGCGATGGGCATGCTCCAGGCGCGCCTTGTGGATCATCTGCCGGGGCGTGAGGTGGAACACCCGCTTGCAATAGCGCTCCAGCTGGGCCACGGAAATACCGGCAATGCGGGTCAGCTCGCTCATGCTGATCGGCTGGTGAAAATGCTGGCGAATGTGCTCGTCCACT > NC_002947/5221783‑5222059 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |