| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,377,535 | Δ1 bp | 6.9% | coding (98/1293 nt) | PP_1201 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,377,535 | 0 | T | . | 6.9% | 173.2 / 7.4 | 58 | coding (98/1293 nt) | PP_1201 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base . (2/2); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
ACCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGGCGGTGTCG > NC_002947/1377390‑1377683 | aCCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCgg > 8:53286/1‑149 (MQ=255)aCCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCgg < 7:246406/149‑1 (MQ=255) cGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGAGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCgggg > 1:63278/1‑149 (MQ=255) gCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCTCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGggc > 1:89115‑M2/1‑146 (MQ=255) aGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGggcgcg > 5:28925‑M2/1‑142 (MQ=255) gTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGg < 4:113526‑M2/141‑2 (MQ=255) gTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGg > 3:113526‑M2/1‑140 (MQ=255) gcttgcCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAg > 1:260404/1‑149 (MQ=255) ttgcCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGc > 1:145785/1‑149 (MQ=255) 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1:134351/1‑149 (MQ=255) aTGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAgg > 8:194450/1‑147 (MQ=255) aTGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAgg < 7:194450/147‑1 (MQ=255) gCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAAc < 2:63278/149‑1 (MQ=255) ccACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAAc > 6:23452/1‑148 (MQ=255) ccACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCAAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAAc > 7:121566/1‑148 (MQ=255) ccGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGg < 1:154477‑M2/87‑2 (MQ=255) ccGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGg > 2:154477‑M2/1‑86 (MQ=255) ccGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACcagca < 5:23452/149‑1 (MQ=255) ccGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACcagca < 4:202123/149‑1 (MQ=255) gTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACaaa > 6:126511/1‑148 (MQ=255) tGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGcac < 8:121295/103‑1 (MQ=255) tGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGcac > 7:121295/1‑103 (MQ=255) 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gcCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGGCGgtg < 6:255555/149‑1 (MQ=255) cTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGTCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGTAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGGCGGTGTc < 7:188243/149‑1 (MQ=255) cTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGGCGGTGTc > 7:127094/1‑149 (MQ=255) tCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGGCGGTGTCg > 6:54446/1‑149 (MQ=255) | ACCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCGGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGGCGGTGTCG > NC_002947/1377390‑1377683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |