Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,385,477 | Δ1 bp | 13.5% | coding (401/576 nt) | PP_2093 ← | two‑component system response regulator NasT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,385,477 | 0 | T | . | 13.5% | 93.4 / 12.0 | 37 | coding (401/576 nt) | PP_2093 | two‑component system response regulator NasT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/15); new base . (3/2); total (19/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.84e-01 |
TTCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCG > NC_002947/2385335‑2385613 | ttCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCACTCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTcgcgc < 1:209162/149‑1 (MQ=255) ttCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTcgcgcg > 3:25841/1‑149 (MQ=255) cGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCgcgcg‑c < 1:39836/148‑1 (MQ=255) cagcAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCTTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCtgt < 1:67315/145‑1 (MQ=255) tCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGcc < 6:3380/149‑1 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGGATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCtt > 1:22780/1‑147 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCGATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaattggc > 3:88378/1‑137 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCGATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaattggc < 4:88378/143‑7 (MQ=255) ctgctgCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTg > 8:17671/1‑149 (MQ=255) ctgcCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGcc < 3:15637/148‑1 (MQ=255) ctgcCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCt < 7:17671/149‑1 (MQ=255) ggCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaat < 8:195425/128‑3 (MQ=255) ggCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaat > 7:195425/1‑126 (MQ=255) gCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCgg < 5:32360/148‑1 (MQ=255) gACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGc > 5:172014/1‑148 (MQ=255) gCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATg < 8:84497/149‑1 (MQ=255) gCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATg < 6:204665/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATc > 4:149845/1‑149 (MQ=255) ttCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATg > 6:146842/1‑149 (MQ=255) ttttCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATa > 8:222323/1‑149 (MQ=255) tca‑tcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCt > 6:59415/1‑149 (MQ=255) tca‑tcaCCAAGCCCTTGGCCAGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGAGCCTTCAGTGGCTGGTCGATTTCGAAGCGGTCGATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGGCGCGCAGCTTGGATACCt > 5:145000/1‑149 (MQ=255) a‑tcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTc < 5:146842/149‑1 (MQ=255) aGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga < 7:211462/148‑1 (MQ=255) aGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga < 7:222323/148‑1 (MQ=255) gCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcgac > 2:251990/1‑148 (MQ=255) ccTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCAACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAg > 6:51505/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCtt > 1:137873/1‑59 (MQ=255) gCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCtt < 2:137873/59‑1 (MQ=255) gcTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCcctgcctg > 7:174010/1‑148 (MQ=255) gCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCg > 4:215785/1‑149 (MQ=255) cGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGc < 1:251990/149‑1 (MQ=255) ggCCATTTGCTGGACGCGCG‑CGAGCAGGTGTGCCTTCAGTGCCTGGTGTCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCCGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGAGGATATAGCCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc < 6:145000/149‑1 (MQ=255) ggCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc < 3:149845/149‑1 (MQ=255) gCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgcg > 4:221035/1‑149 (MQ=255) gCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTCGATCGCCTGgcg > 8:125258/1‑149 (MQ=255) agctGCTGG‑CGCGCGACCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc > 6:106587/4‑145 (MQ=255) | TTCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCA‑TCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCG > NC_002947/2385335‑2385613 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |