Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 624,430:1 | +A | 10.3% | coding (477/702 nt) | PP_0537 ← | transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 624,430 | 1 | . | A | 10.3% | 139.2 / 10.4 | 39 | coding (477/702 nt) | PP_0537 | transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/17); new base A (2/2); total (20/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCAGCGGTGTAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAGGGCTTTTGCCGGCAAGCGCAGGTGCTTGCTGCC > NC_002947/624283‑624570 | agcagcGGTGTAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTGTTGCAGGTACAGGGTTTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATg > 1:60121/1‑149 (MQ=255) agcagcGGTGTAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑c < 5:142718/149‑1 (MQ=255) ggTGTAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGt < 4:158212/149‑1 (MQ=255) gtgtAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGG‑CATGACCCAGGtg < 1:143623/149‑2 (MQ=255) tAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGAt < 2:60121/149‑1 (MQ=255) gCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATg < 4:16722/148‑1 (MQ=255) gcCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCgg > 8:41955/1‑148 (MQ=255) tCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑Ag > 7:50271/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCAt > 6:209429/1‑149 (MQ=255) aGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCAAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGAt > 7:13315/1‑149 (MQ=255) aGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTGGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGAt < 7:41955/149‑1 (MQ=255) ggTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCGAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCAt > 6:125799/1‑130 (MQ=255) ggTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCAt < 5:125799/130‑1 (MQ=255) 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ccTCGACCACCTGGGGCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCTGGGCTTTTGCCGGCAAGCGCAgg < 8:50270/149‑1 (MQ=255) cGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAGGGCTTTTGCCGGCAAGCGCAGGtgc > 6:250133/1‑149 (MQ=255) tcgaccTGGG‑CATGACCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAggg > 7:14389/4‑124 (MQ=255) tcgaccTGGG‑CATGACCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAggg < 8:14389/121‑1 (MQ=255) accTGGG‑CATGACCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAGGGCTTTTGCCGGCAAGCGCAGGtgcttgct > 2:19130/1‑149 (MQ=255) ggTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAGGGCTTTTGCCGGCAAGCGCAGGTGCTTGCTGcc < 6:262636/147‑1 (MQ=255) | AGCAGCGGTGTAGCGTTCGACCGTGTAGTTGCGCCGGTCATGGCTG‑TGCAGGTACAGGGTGTCGTGCGGGCCAAGACTGAGGTTGTTTACCCTGAGCATGCCGTTTTGCAGCAGGGCATAGGTTTCGCCCTCGACCACCTGGGTCATG‑CCCAGGTCGATGGCCAGGGTAGCTTGCAGCGGAATC‑‑AGCGGGAGCATGTTGCTGGCCGGCATTGCCAGGCAGATTGCGTTGCCGGCTTGCACACCCAAGCCCTTCAGGGCTTTTGCCGGCAAGCGCAGGTGCTTGCTGCC > NC_002947/624283‑624570 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |