| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,548:1 | +C | 100% | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 97.1% | 106.6 / ‑3.3 | 34 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (16/17); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGA > NC_002947/1419421‑1419682 | tgATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGc < 3:220075/148‑1 (MQ=255) aTGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGc > 4:220075/1‑147 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac < 1:48690/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGt < 7:150387/149‑1 (MQ=255) cGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:122492/149‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt > 6:162148/1‑149 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 5:162148/149‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg > 4:61156/1‑149 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 4:161363/1‑149 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGATGTCGGTGGTCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGggctgg‑c > 5:35442/1‑95 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTATTGCCGACTGTGGTGGGTTCTTTTGTGATGTCGGTGGTCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGggctgg‑c < 6:35442/95‑1 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc < 2:219503/132‑1 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc > 1:219503/1‑132 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 6:8671/144‑1 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 5:8671/1‑144 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc > 8:231953/1‑149 (MQ=255) aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGTGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCg < 6:9399/107‑1 (MQ=255) aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCg > 5:9399/1‑107 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac < 7:246028/103‑1 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTACTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac > 8:246028/1‑103 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 7:231953/149‑1 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTACTGTGCAGTGAGTGACGGCTGTGGTTAACCTGTGGGAGCGGGCGTTCCcgc > 7:132571/1‑149 (MQ=39) 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3:108857/1‑147 (MQ=37) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 3:161363/148‑1 (MQ=255) tttttCCCTGGATTGTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCTGGGCGGGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg < 2:221767/146‑1 (MQ=37) tgtttCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg < 3:61156/148‑1 (MQ=255) tCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 1:173497/83‑1 (MQ=255) tCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 2:173497/1‑83 (MQ=255) cTGGATTGTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTTTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAgg < 7:81093/142‑1 (MQ=255) cTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAATGCGTGAAGGCTGTTGTGACCCTGTGGGAGCCGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTTACCTGCTAATGCAAGGTATGatg > 8:81093/1‑140 (MQ=25) gTTG‑CCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGa < 6:132019/149‑1 (MQ=255) | CGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTG‑CCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGA > NC_002947/1419421‑1419682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |