| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,385,483:1 | +A | 14.7% | coding (395/576 nt) | PP_2093 ← | two‑component system response regulator NasT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,385,483 | 1 | . | A | 14.7% | 103.1 / 16.7 | 34 | coding (395/576 nt) | PP_2093 | two‑component system response regulator NasT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/14); new base A (3/2); total (18/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTG > NC_002947/2385335‑2385631 | ttCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTcgcgcg > 3:25841/1‑149 (MQ=255) cGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCgcgcg‑c < 1:39836/148‑1 (MQ=255) cagcAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCTTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCtgt < 1:67315/145‑1 (MQ=255) tCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGcc < 6:3380/149‑1 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGGATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCtt > 1:22780/1‑147 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCGATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaattggc > 3:88378/1‑137 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCGATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaattggc < 4:88378/143‑7 (MQ=255) ctgctgCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTg > 8:17671/1‑149 (MQ=255) ctgcCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGcc < 3:15637/148‑1 (MQ=255) ctgcCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCt < 7:17671/149‑1 (MQ=255) ggCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaat < 8:195425/128‑3 (MQ=255) ggCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaat > 7:195425/1‑126 (MQ=255) gCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCgg < 5:32360/148‑1 (MQ=255) gACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGc > 5:172014/1‑148 (MQ=255) gCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATg < 8:84497/149‑1 (MQ=255) gCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATg < 6:204665/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATc > 4:149845/1‑149 (MQ=255) ttCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATg > 6:146842/1‑149 (MQ=255) ttttCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATa > 8:222323/1‑149 (MQ=255) tcatcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCt > 6:59415/1‑149 (MQ=255) tcatcaCCAAGCCCTTGGCCAGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGAGCCTTCAGTGGCTGGTCGATTTCGAAGCGGTCGATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGGCGCGCAGCTTGGATACCt > 5:145000/1‑149 (MQ=255) atcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTc < 5:146842/149‑1 (MQ=255) aGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga < 7:222323/148‑1 (MQ=255) aGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga < 7:211462/148‑1 (MQ=255) gCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcgac > 2:251990/1‑148 (MQ=255) ccTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCAACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAg > 6:51505/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCtt < 2:137873/59‑1 (MQ=255) gCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCtt > 1:137873/1‑59 (MQ=255) gcTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCcctgcctg > 7:174010/1‑148 (MQ=255) gCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCg > 4:215785/1‑149 (MQ=255) cGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGc < 1:251990/149‑1 (MQ=255) ggCCATTTGCTGGACGCGCG‑CGAGCAGGTGTGCCTTCAGTGCCTGGTGTCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCCGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGAGGATATAGCCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc < 6:145000/149‑1 (MQ=255) ggCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc < 3:149845/149‑1 (MQ=255) gCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgcg > 4:221035/1‑149 (MQ=255) gCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTCGATCGCCTGgcg > 8:125258/1‑149 (MQ=255) agctGCTGG‑CGCGCGACCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc > 6:106587/4‑145 (MQ=255) g‑cCAGCAGCTGTGCCTTTAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCTCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTg < 2:22780/149‑1 (MQ=255) | TTCGGCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTG > NC_002947/2385335‑2385631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |