| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,755,080:1 | +C | 10.5% | coding (1406/3147 nt) | czcA‑II → | cation efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,755,080 | 1 | . | C | 10.5% | 138.2 / 9.4 | 38 | coding (1406/3147 nt) | czcA‑II | cation efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/15); new base C (2/2); total (21/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
CCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGT > NC_002947/2754939‑2755227 | cccATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCggg < 5:47940/149‑1 (MQ=255) cACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGCaaagatcg < 1:142005/149‑7 (MQ=25) tGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATg > 3:134825/1‑149 (MQ=255) gCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑g > 5:222553/1‑133 (MQ=255) gCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑g < 6:222553/133‑1 (MQ=255) tGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGcc > 5:172677/1‑149 (MQ=255) tGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGcc > 7:132790/1‑149 (MQ=255) cgcgGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTAc > 1:240259/1‑149 (MQ=255) gcgAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTg < 6:165688/149‑1 (MQ=255) gAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCGTTACCGTGGTCATGGCCCTGtt > 5:241546/1‑149 (MQ=255) gAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGACTTTACCGTGGTCATGGCCCTGtt > 8:247208/1‑149 (MQ=255) aGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GAt > 6:202100/1‑109 (MQ=255) aGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GAt < 5:202100/109‑1 (MQ=255) tgtTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGgc < 6:172677/149‑1 (MQ=255) tgtTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGgc < 8:132790/149‑1 (MQ=255) cgatgaacgcgAAGCACGCCATCCGCTGATATAACTTCAGTAGATCATCATGGAGGTCTACCTGCAGATATTTGAACT‑GCCCGGGGTCTAGGGAAA‑GATGTTACAACATATGGCCTTTACAGTCATCATGGCCCTGTTGGGCGCgagga > 4:241971/8‑149 (MQ=255) gCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCgatgat < 4:134825/149‑1 (MQ=255) ccGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGCa < 4:92982/89‑1 (MQ=18) ccGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGCa > 3:92982/1‑89 (MQ=18) ccGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAACGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATgg < 1:176779/126‑1 (MQ=255) ccGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATgg > 2:176779/1‑125 (MQ=255) ccGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCttt > 5:189971/1‑149 (MQ=255) cgcgAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTc > 4:212836/1‑149 (MQ=255) gAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GAc > 4:69361/1‑71 (MQ=255) gAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GAc < 3:69361/71‑1 (MQ=255) aaGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTc < 6:259289/149‑1 (MQ=255) ggCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGcc < 2:240259/149‑1 (MQ=255) ggCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCACTGATGGGCGCTATGATACTTTCGGTAACGTTCGTTCAGGCAGACATTGcc > 4:199679/1‑149 (MQ=21) gATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTc < 7:247208/148‑1 (MQ=255) tcatcaTGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGt > 4:229349/1‑148 (MQ=255) gggtgTCCCTGCCGATCTGTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAg < 6:189971/148‑1 (MQ=255) ccTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCAtt > 4:3448/1‑121 (MQ=255) ccTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCAtt < 3:3448/121‑1 (MQ=255) ccTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAag < 3:212836/148‑1 (MQ=255) cGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGGTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGACCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagag > 7:59914/1‑149 (MQ=255) gATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagag > 5:109508/1‑148 (MQ=255) aTCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagagg > 3:180352/1‑148 (MQ=255) tcttGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCACGGTCAaggaagaggaag > 1:122073/3‑149 (MQ=255) t‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGt > 1:100176/1‑148 (MQ=255) | CCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGCAA‑GATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGT > NC_002947/2754939‑2755227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |