New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 200306 | 51 (1.210) | 5 (0.120) | 5/248 | NT | 9.0% | coding (5812/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
? | NC_002947 | = 200330 | 52 (1.280) | coding (5836/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
CGATGCGCAAGGCGATGACGTCTATCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTCGTGG > NC_002947/200161‑200453 | cGATGCGCAAGGCGATGACGTCTATCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAgtgg > 2:26316/1‑149 (MQ=255) gcAAGGCGATGACGTCTATCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGcc > 1:75234/1‑148 (MQ=255) aCGTCTATCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGc < 1:26222/148‑1 (MQ=255) gTCTATCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCAc < 5:236400/149‑1 (MQ=255) aTCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACCCCCTCGACGCAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCct < 1:237283‑M2/149‑3 (MQ=255) ggACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCAc < 8:99107/141‑1 (MQ=255) ggACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCAc > 7:99107/1‑141 (MQ=255) aCGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGgggtggcagtcagcttggccaccacttcgtcg < 4:19319‑M1/149‑33 (MQ=255) gCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGAc < 6:196657/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGAcc > 6:56132/1‑148 (MQ=255) gCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCg < 3:212992/147‑1 (MQ=255) aGATCAGCCTGGGCATCCACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAg < 8:192802/119‑1 (MQ=255) aGATCAGCCTGGGCATCCACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAg > 7:192802/1‑119 (MQ=255) gagcAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCg < 8:109318/146‑1 (MQ=255) aTCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTTGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCgg > 2:232798/1‑149 (MQ=255) tCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGt < 1:26316/149‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCAAAGGCGGTg < 6:261103/148‑1 (MQ=255) gCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGt > 6:153937/1‑146 (MQ=255) ggCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCCCCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc < 6:260958/149‑1 (MQ=255) cATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAcc > 7:229365/1‑148 (MQ=255) aCTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTacac > 1:235397/1‑148 (MQ=255) tCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGgggtggcagtcagcttggccaccacttcgtc < 3:140955‑M1/119‑32 (MQ=255) tCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGgggtggcagtcagcttggccaccacttcgtc > 4:140955‑M1/1‑88 (MQ=255) tCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCctt > 4:110151‑M2/1‑112 (MQ=255) cGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATc > 8:176864/1‑149 (MQ=255) cAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCAcc < 8:229365/149‑1 (MQ=40) gACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGt < 1:150117/123‑1 (MQ=38) gACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGt > 2:150117/1‑123 (MQ=38) gACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGAc > 3:85510/1‑149 (MQ=37) aCGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGAc > 3:77926/1‑148 (MQ=37) gCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACcaa > 5:110111/1‑149 (MQ=37) ggTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGa > 4:95295/1‑149 (MQ=37) ctgcGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACgg < 5:153937/148‑1 (MQ=37) cGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTg < 4:226619/149‑1 (MQ=35) cGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCg < 1:166066/148‑1 (MQ=34) aCCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATcaa < 2:235397/148‑1 (MQ=34) aCCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCCGCCGATcaa < 2:75234/148‑1 (MQ=21) ccTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGgggtggcagtcagcttggccaccacttcgtcgagg < 3:227035‑M1/88‑36 (MQ=255) ccTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGgggtggcagtcagcttggccaccacttcgtcgagg > 4:227035‑M1/1‑53 (MQ=255) cTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATcaacaa > 4:49119/1‑149 (MQ=37) ttGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTgag < 5:78253/98‑1 (MQ=37) ttGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTgag > 6:78253/1‑98 (MQ=37) ttGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc < 8:39578/103‑1 (MQ=35) ttGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc > 7:39578/1‑103 (MQ=35) ttGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCaacaac > 1:166306/1‑149 (MQ=37) gggCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCg > 4:6049/1‑148 (MQ=37) ggTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCt < 4:77926/149‑1 (MQ=37) gTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTg < 7:176864/149‑1 (MQ=35) gTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTg < 3:49119/149‑1 (MQ=35) ttCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCt > 1:256976/1‑148 (MQ=32) aaGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGAcc > 4:41807/1‑149 (MQ=32) aaGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGAcc < 2:256976/149‑1 (MQ=32) gTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGa > 4:236872/1‑149 (MQ=32) aCCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACg < 3:6049/148‑1 (MQ=32) cGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGca < 1:232798/149‑1 (MQ=32) acacCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACgg < 4:67276/145‑1 (MQ=32) acacCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACAACATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGcag > 3:67276/1‑147 (MQ=17) cacCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGcacca < 3:95295/149‑1 (MQ=32) ccTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCcttcgtcgagggtgtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaagg < 3:227035‑M2/88‑54 (MQ=255) ccTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCcttcgtcgagggtgtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaagg > 4:227035‑M2/1‑35 (MQ=255) cgacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCcttcgtcgagggtgtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtctactgccgagttgatgcccaggctgatctggccagcgt < 4:19319‑M2/149‑118 (MQ=255) gacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCcttcgtcgagggtgtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtctactgccga < 3:140955‑M2/119‑89 (MQ=255) gacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCcttcgtcgagggtgtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtctactgccga > 4:140955‑M2/1‑31 (MQ=255) gacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACcgtc < 5:56132/147‑1 (MQ=34) aaGgggtggcagtcagcttggccaccacttcgtcgagggtgtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtctactgccga > 4:110151‑M1/1‑3 (MQ=255) aGgggtggcagtcagcttggccaccactgcgtcgagggggtcggtgacttgaaccgaagcggaaccgcccagctcaaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtctactgccgagttgatgcccaggctgatctggccagcgtcctgat < 1:237283‑M1/149‑148 (MQ=255) | CGATGCGCAAGGCGATGACGTCTATCAGGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCAGTAGACGCCACTGGTGCTGCGTTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTTCCGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTCGTGG > NC_002947/200161‑200453 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |