Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,222,188 | C→A | 8.7% | E134D (GAG→GAT) ‡ | PP_4602 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,222,188 | 0 | C | A | 8.7% | 142.3 / 4.4 | 46 | E134D (GAG→GAT) ‡ | PP_4602 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/24); new base A (2/2); total (20/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 |
ACTGCGGCCAGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCCAGCAGCGGTTG > NC_002947/5222057‑5222328 | aCTGCGGCCAGGAGATGGTAGGGGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATTCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCTGCAGGGTTGTAGAGCGGGCGATTGTGGGTCAGGCACCTGCCGGGCTCACGGCTGCCGTagag < 5:202588/149‑1 (MQ=255) gCGGCCAGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGTGAGCCCGGCTgg > 6:61861/1‑138 (MQ=255) gCGGCCAGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGTGAGCCCGGCTgg < 5:61861/139‑2 (MQ=255) cGGCCAGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGCTGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGc < 3:175737/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGt < 2:21001/147‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCTGGTAGGCGTGGTGGCTGTCAGGGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGTGCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCTGGCGGTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAg < 2:99115/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTc > 4:85484/1‑149 (MQ=255) gcTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAAc < 1:222383/149‑1 (MQ=255) gCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGtcctc > 2:235155/1‑149 (MQ=255) cGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGCTGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGtcctc > 2:187917/1‑148 (MQ=255) cGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTgg < 1:125286/143‑1 (MQ=255) cGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTgg > 2:125286/1‑143 (MQ=255) ggTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGc < 3:41386/149‑1 (MQ=255) ggTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGc < 4:164265/149‑1 (MQ=255) gTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCa > 3:104786/1‑149 (MQ=255) tCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGc < 3:85484/148‑1 (MQ=255) ggCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGccttcct > 3:214757/1‑149 (MQ=255) aCTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTgag < 2:138347/148‑1 (MQ=255) aCTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTga < 8:155221/147‑1 (MQ=255) cAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGccttcctt < 7:136030/141‑1 (MQ=255) cAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGccttcctt > 8:136030/1‑141 (MQ=255) aGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGt < 4:214757/149‑1 (MQ=255) aGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGt < 3:258390/149‑1 (MQ=255) tCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCg < 8:87510/149‑1 (MQ=255) cGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGc < 4:188840/125‑1 (MQ=255) cGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGc > 3:188840/1‑125 (MQ=255) aTGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGTGAGCCCGGCTg < 1:235415/81‑1 (MQ=255) aTGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGTGAGCCCGGCTg > 2:235415/1‑81 (MQ=255) gCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCgg > 1:34485/1‑149 (MQ=255) cGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCgggg < 1:225523/149‑1 (MQ=255) gatTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCa > 5:27803/1‑148 (MQ=255) gatTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCa > 8:181650/1‑148 (MQ=255) atTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCCGTATAGCCGGGGCCaaa > 7:43976/1‑149 (MQ=255) ttGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAacac < 1:235155/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACAGGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCgg < 7:181650/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGccttcctt > 2:90732/1‑87 (MQ=255) cGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGccttcctt < 1:90732/87‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTGCCTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGgcg < 1:187917/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGgcgc < 6:27803/149‑1 (MQ=255) ttGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCCCCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCtt > 8:226462/1‑149 (MQ=255) gtgGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTg < 3:45538/148‑1 (MQ=255) gTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCcag > 7:164017/1‑149 (MQ=255) aCCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCATCTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCCAGCAGCGGt > 8:85526/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCCAGCAGCg > 7:11525/1‑143 (MQ=255) gCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCCAGCAGCg < 8:11525/143‑1 (MQ=255) gCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACATCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCCAGCAGCGGTTg > 6:177568/1‑147 (MQ=255) | ACTGCGGCCAGGCGCTGGTAGGCGGGGTGGCTGTCAGCGGCTGACTGCAAGTCGACCGAGATGCCGACCAGGCCGATGATTTCGCCGGCAGGGTTGTACAGCGGGCGCTTGTGGGTCAGGCACCAGCCGGGCTCACGGCTGCCGTAGAGGTGCAGCTCCAACTGGTCCTCCAGCACCAGGCCTTCCTTGAGAACACGTCGATCCTG‑CTCGGTATAGCCGGGGCCAAACTGTGCCGGAAACACTTCGGCGCTGGTCTTGCCCAGCAGCGGTTG > NC_002947/5222057‑5222328 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |