Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,239,884 | G→A | 10.7% | A144V (GCG→GTG) | ldh ← | leucine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,239,884 | 0 | G | A | 10.7% | 145.8 / 7.8 | 56 | A144V (GCG→GTG) | ldh | leucine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/23); new base A (4/2); total (31/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 |
CTCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGCCT > NC_002947/5239739‑5240031 | cTCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCAt < 1:110310/149‑1 (MQ=255) tCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCAtg > 6:130771/1‑149 (MQ=255) cccACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGa > 1:266707/1‑149 (MQ=255) ccACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGAt < 1:109939/149‑1 (MQ=255) aCCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGGCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATgg < 8:121551/149‑1 (MQ=255) aCCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATgg > 1:64006/1‑149 (MQ=255) ccGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATggg < 3:121377/149‑1 (MQ=255) cATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCg > 5:18400/1‑149 (MQ=255) aaTTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGccc > 7:167899/1‑147 (MQ=255) tCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAgt > 4:112398/1‑149 (MQ=255) cGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAgtg < 3:112398/148‑1 (MQ=255) aTAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAg > 2:34738/1‑137 (MQ=255) aTAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCa > 2:124819/1‑149 (MQ=255) tAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCAc < 2:243736/149‑1 (MQ=255) ccAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTa < 1:68302/149‑1 (MQ=255) aaCATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAgg < 1:124819/149‑1 (MQ=255) cATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGc < 7:236602/149‑1 (MQ=255) gCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTg < 2:266707/148‑1 (MQ=255) cccAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCCCACCCCCCCAACGCCGCATGAGGCCATGGGTCGCCCGATCCAGTGGTGCTCGTCACCTAgggagcacg > 7:160178/1‑143 (MQ=255) ccAACCCCTGGACCGGTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTTTGCACGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCGGGATGGAGTGGTGCTGGTGACGTAGGGCGTGCtg > 8:41798/1‑149 (MQ=255) aaCCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATgg < 5:115752/107‑1 (MQ=255) aaCCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATgg > 6:115752/1‑107 (MQ=255) ccccTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTggg < 5:215081/149‑1 (MQ=255) cTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCaa > 3:70511/1‑149 (MQ=255) tGGACGGCTACCGGAAAGCCTCTCTGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAAGTAGGTTGTGGCACTTATGCCCGCGAACACCCCATTCGCCGCATGTGGCTATGGGTCGc < 2:129805/106‑1 (MQ=255) tGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGc > 1:129805/1‑106 (MQ=255) ggACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgg > 5:60379/1‑100 (MQ=255) ggACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCACATGCGGCGATgg < 6:60379/100‑1 (MQ=255) gACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTTACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATg > 2:127545/1‑148 (MQ=255) aCCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCa > 4:154484/1‑149 (MQ=255) cGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGt < 5:130771/149‑1 (MQ=255) gCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTc < 6:18400/149‑1 (MQ=255) cTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTcc < 8:167899/149‑1 (MQ=255) tACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGa < 2:230594/102‑1 (MQ=255) tACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGa > 1:230594/1‑102 (MQ=255) gCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTgg < 8:29985/131‑1 (MQ=255) gCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTgg > 7:29985/1‑131 (MQ=255) gCAAACCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTc > 7:174658/1‑148 (MQ=255) cAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCa < 3:154484/149‑1 (MQ=255) tctcAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGAAGTGGTGCTGGTCACGTACGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTc > 7:143519/1‑148 (MQ=255) aTCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCAc > 8:96866/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCAt > 8:76587/1‑120 (MQ=255) cAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCAt < 7:76587/120‑1 (MQ=255) cGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGatgatg > 1:165916/1‑148 (MQ=255) gAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGatgatg > 1:13960/1‑147 (MQ=255) ttGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTTACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAgcgc < 1:127545/149‑1 (MQ=255) gCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATg > 1:268854/1‑149 (MQ=255) gCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGGAt > 7:219240/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATc > 6:88364/1‑148 (MQ=255) cgcgAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGa < 2:64006/149‑1 (MQ=255) ccccATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGc < 4:70511/149‑1 (MQ=255) cccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGAAAGGTATCGATGAAGCGGc > 3:60824/1‑148 (MQ=255) ccATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGcc > 2:230540/1‑148 (MQ=255) ccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAg > 7:212920/1‑131 (MQ=255) ccATCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAg < 8:212920/131‑1 (MQ=255) aTCGCCACATGCGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCa > 7:210489/1‑147 (MQ=255) cgcATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGCCt < 2:13960/149‑1 (MQ=255) | CTCCGCGCCCACCGCATGCAATTGCTCCGCCAGGGCATAACCAACATTGCCCAACCCCTGGACCGCTACCCGCAAGCCTCTCAGGTCATCGCTGCCCAGCCGGAACGAGGTTGTGGCACGTATGCCCGCGAACACCCCCATCGCCGCATGTGGCGATGGGTCGCCCGATGCAGTGGTGCTGGTCACGTAGGGCGTGCTGTGGGCAATGCAGTCCATGTCCAAGGTCGAGGTGCCACTGTCCACGGCGATGATGAAGCGCCCATGCAAGGTATCGATGAAGCGGCCAAAGGCCT > NC_002947/5239739‑5240031 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |