Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 375,629 | G→A | 7.8% | A307T (GCA→ACA) | PP_0312 → | electron transfer flavoprotein subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 375,629 | 0 | G | A | 7.8% | 145.9 / 3.4 | 51 | A307T (GCA→ACA) | PP_0312 | electron transfer flavoprotein subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/24); new base A (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
TCAACAAGCGTGGTGCGCAGCCTGCCGCGCATCGAAGACCTTGGCTCGGTGGCCGTCGACCCGGCCACCATTGCCATGGCCGAAGCGGAGTTCATCGTCTCGGGCGGCAACGGTGTCAAGGACTGGGACCTGTACCACAAGGCCACCGCAGCCCTCGGCGCTACCGAAGGTGCCTCGCGGGTGGCAGTGGACGATGGCTTCATGCCGCGCAACCGCCAGGTGGGGGCTACCGGTACCTGGGTTACCGCGCGTGTCTATGTGGCTGTGGGTATCTCGGGTGCGATC > NC_002947/375482‑375766 | tCAACAAGCGTGGTGCGCAGCCTGCCGCGCATCGAAGACCTTGGCTCGGTGGCCGTCGACCCGGCCACCATTGCCATGGCCGAAGCGGAGTTCATCGTCTCGGGCGGCAACGGTGTCAAGGACTGGGACCTGTACCACAAGGCCACCg > 6:272714/1‑148 (MQ=255) aacaaGCGTGGTGCGCAGCCTGCCGCGCATCGAAGACCTTGGCTCGGTGGCCGTCGACCCGGCCACCATTGCCATGGCCGAAGCGGAGTTCATCGTCTCGGGCGGCAACGGTGTCAAGGCCTGGGACCTGTACCACAAGGCCACCGCAg > 3:52735/1‑149 (MQ=255) gtggtgCGCAGCCTGCCGCGCATCGAAGACCTTGGCTCGGTGGCCGTCGACCCGGCCACCATTGCCATGGCCGAAGCGGAGTTCATCGTCTCGGGCGGCAACGGTGTCAAGGACTGGGACCTGTACCACAAGGCCACCGCAGCCCTCgg < 3:154147/149‑1 (MQ=255) gtggggCGTCGCCGGCCGCGCCTCGAAGTCCTTGGCTCGGTGGCCGTCGACCCGGCCACCATTGCCATGGCCGAAGCGGAGTTCATCGGCTCGGGCGGCAACGGGGTCAAGGACTGGGACCTGTACCACAAGGCCACCGCAGCCCTCgg < 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acaAGGCCACCGCAGCCCTCGGCGCTACCGAAGGTGCCTCGCGGGTGGCAGTGGACGATGGCTTCATGCCGCGCAACCGCCAGGTGGGGGCTACCGGTACCTGGGTTACCGCGCGTGTCTATGTGGCTGTGGGTAt < 8:171130/136‑1 (MQ=255) acaAGGCCACCGCAGCCCTCGGCGCTACCGAAGGTGCCTCGCGGGTGGCAGTGGACGATGGCTTCATGCCGCGCAACCGCCAGGTGGGGGCTACCGGTACCTGGGTTACCGCGCGTGTCTATGTGGCTGTGGGTATCTCGGGTGCGATc < 2:146705/149‑1 (MQ=255) | TCAACAAGCGTGGTGCGCAGCCTGCCGCGCATCGAAGACCTTGGCTCGGTGGCCGTCGACCCGGCCACCATTGCCATGGCCGAAGCGGAGTTCATCGTCTCGGGCGGCAACGGTGTCAAGGACTGGGACCTGTACCACAAGGCCACCGCAGCCCTCGGCGCTACCGAAGGTGCCTCGCGGGTGGCAGTGGACGATGGCTTCATGCCGCGCAACCGCCAGGTGGGGGCTACCGGTACCTGGGTTACCGCGCGTGTCTATGTGGCTGTGGGTATCTCGGGTGCGATC > NC_002947/375482‑375766 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |