| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 387,791 | T→G | 13.6% | S311A (TCC→GCC) ‡ | glyA‑I → | serine hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 387,791 | 0 | T | G | 13.6% | 92.4 / 3.8 | 35 | S311A (TCC→GCC) ‡ | glyA‑I | serine hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/14); new base G (3/2); total (19/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTC > NC_002947/387649‑387939 | cccGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTg > 3:85713/1‑149 (MQ=255) aTGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGa > 4:119710/1‑149 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCACGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGGTGCCGGTGGCACCgcgagc > 8:230037/1‑144 (MQ=255) gCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGtt < 8:183179/149‑1 (MQ=255) gCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGCCACCGGAAaccacat > 8:72888/1‑141 (MQ=37) gCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGCCACCGGAAaccacat < 7:72888/143‑3 (MQ=255) ccAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGCTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTg < 1:264513/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCa < 6:79331/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCa < 4:85713/149‑1 (MQ=255) aGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGcc < 3:119710/149‑1 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 3:236182/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGCCACCGGAAaccacat < 5:136301/128‑3 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGCCACCGGAAaccacat > 6:136301/1‑126 (MQ=37) gAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAggg > 8:196041/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTg > 1:50164/1‑135 (MQ=255) gcgcTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTg < 2:50164/135‑1 (MQ=255) cTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCaaa < 5:276430/149‑1 (MQ=255) cTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCa > 8:1697/1‑147 (MQ=255) tGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGCCCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGcc > 6:258985/1‑137 (MQ=255) tGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGcc < 5:258985/137‑1 (MQ=255) ttCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgc > 3:116405/1‑149 (MQ=255) gcaAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTc > 5:58627/1‑149 (MQ=255) gcaAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTc < 7:196041/149‑1 (MQ=255) gTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTgc < 6:58627/149‑1 (MQ=255) aTCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTgcgc < 6:177984/148‑1 (MQ=255) gAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGa > 1:170882/1‑109 (MQ=255) gAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGa < 2:170882/109‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGAt > 1:170379/1‑94 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGAt < 2:170379/94‑1 (MQ=255) cAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTcaa < 4:116405/149‑1 (MQ=255) aTGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGaa > 8:14408/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCg > 8:55410/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTCGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCg > 4:213028/1‑149 (MQ=255) cATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAAc > 2:35504/1‑148 (MQ=255) ggTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCa > 4:150083/1‑149 (MQ=255) tCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTc > 5:106617/1‑149 (MQ=255) | CCCGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGCACCGACAACCACCTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTC > NC_002947/387649‑387939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |